New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 381260 = | NA (NA) | 25 (0.240) | 19/594 | 4.6 | 15.4% | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
? | NC_000913 | = 806578 | 137 (1.330) | coding (704/1284 nt) | ybhC | outer membrane lipoprotein YbhC | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TTGAAACGGCTGTTTACGGCGAGGAAACCGTAGTAAATGTTGGACAGCGTAGCCGGTGCAAACACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAGTTCACCACGCGGAATTCGGTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGCAGTGCCACCGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCGCCCAGCGTGTTTTCGATGGTCAGATTTTGCAGTTGCAGGCCATTGTTTTGTGACCAGAAGACCGCAGAGCAGAGAACACCGATACTGTCGCTGCGTTTGCTCTGGCAGCTATCGTACATATACCACGCTGGTTTACCTGGCATATATTTGCCGCGCGGGTTGACGTCGTGACGCCAGTCGGCAGGGCTCATGCCACCATCAAGGGAAAGCCCAATCTTCACATCAATCGGTTTTTCACCTGTACCGTACAGAGTA > NC_000913/806281‑806877 | ttGAAACGGCTGTTTACGGCGAGGAAACCGTAGTAAATGTTGGACAGCGTAGCCGGTGCAAACACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAGTTCACCACGCGGAATTCGGTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTa < 1:549664/300‑1 (MQ=255) tGAAACGGCTGTTTACGGCGAGGAAACCGTAGTAAATGTTGGACAGCGTAGCCGGTGCAAACACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAGTTCACCACGCGGAATTCGGTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTAc < 2:831675/300‑1 (MQ=255) tGAAACGGCTGTTTACGGCGAGGAAACCGTAGTAAATGTTGGACAGCGTAGCCGGTGCAAACACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAGTTCACCACGCGGAATTCGGTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTAc < 1:397848/300‑1 (MQ=255) aaaCTGCTATTTACTGCGAGTAAACCGTAATAAATTTTGGACAGCGTAGCCGGGGCAAAAACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAGTTCACCACGCGGAATTCGTTGTTATCGAACACCACTGCACCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGTTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAGAGAGGGTGTTCCGACTACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGc < 2:184304/300‑1 (MQ=255) aaaCGGCTGTTTACGTCGAGGAAACCGTAGTAAATGTTGGACAGCGTACCCGGTGCAAACACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAGTTCACCACGCGGAATTCGNTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATTTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCTGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGc < 2:755664/300‑1 (MQ=255) aaaCGGCTGTTTACGGCGAGGAAACCGTAGTAAATGTTGGACAGCGTAGCCGGTGCAAACACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAGTTCACCACGCGGAATTCGGTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCANATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCANCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGc < 2:586388/300‑1 (MQ=255) aaaCGGCTGTTTACGGCGAGGAAACCGTAGTAAATGTTGGACAGCGTAGCCGGTGCAAACACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAGTTCACCACGCGGAATTCGGTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGc < 1:406261/300‑1 (MQ=255) gTTTACGGCGAGGAAACCGTAGTAAATGTTGGACAGCGTAGCTGGTGCAAACACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAGTTCACCACGCGGAATTCGGTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCTGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGTTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGCAGTGCCAc < 2:6274/300‑1 (MQ=255) cGAGGAAACCGTAGTAAATGTTGTACAGCGTAGCCGGTGCAAACACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAATTCACCACGCGGAATTCGGTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCATACGGTTCTGCACACCACTGTTGTTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGCAGTGCCACCGCCGGAt < 2:383989/300‑1 (MQ=255) tGTTGGACATCGTAGCCGGTGCAAACACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAGTGCACCACGCGGAATTCGTTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCATCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCATACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGTTCACCATCAGTACGCAGTGCCACCGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGc < 2:519329/300‑1 (MQ=255) 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gCGTAGCCGGTGCAAACACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAGTTCACCACGCGGAATTCGGTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGCAGTGCCAACGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCGACCa > 2:779118/1‑300 (MQ=255) gCGTAGCCGGTGCAAACACATACGCTTATTGCTGAGTACGTGAGTTCACCACGCGGCATTCGGTGTTATCGAACACCACTGCGCAGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGACTGTTAACGTTGTTACTCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGCAGTGCAACCGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCggata > 2:119054/1‑296 (MQ=255) cGTAGCCGGTGCAAACACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAGTTCACCACGCGGAATTCGGTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGCAGTGCCACCGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCGCCCAg < 1:825644/300‑1 (MQ=255) gTGCGAACACATACGCTTCTTGCTGAGTGCTTGAGTTCACCACGCGGAATTCGGTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGTCGACAAAGAAGGTGTTCTGACTACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGCAGTGCCACCGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCGCCCAGCGTGtttt < 2:160480/300‑1 (MQ=255) gTGCAAACACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAGTTCACCACGCGGAATTCGGTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGCAGTGCCACCGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCGCCCAGCGTGtttt > 1:819749/1‑300 (MQ=255) gTGCAAACACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAGTTCACCACGCGGAATTCGGTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGCAGTGCCACCGCAGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCGCCCAGCGTGtttt > 2:478610/1‑300 (MQ=255) 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caccacTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGTTCACCATCAGTACGCAGTGCCACCGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCGCCCAGCGTGTTTTCGATGGTCAGATTTTGCAGTTGCAGGCCATTGTTTTGTGACCAGAAGACCGCAGAGCAGAGAac < 1:133482/300‑1 (MQ=255) ccccTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGTAGTGCCACCGCCGGCTGGTTACCTGCATCTACGCTGTAGCCCAGCGTGTTTTCGATGGTCAGANTTTGCCGTTGCAGGCCATTGTTGTGTGACCAGAAGACCGCGGAGCAGAGGacac > 2:640456/4‑300 (MQ=255) ccacTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGCAGTGCCACCGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCGCCCAGCGTGTTTTCGATGGTCAGATTTTGCAGTTGCAGGCCATTGTTTTGTGACCAGAAGACCGCAGAGCAGAGAacac > 1:558859/1‑300 (MQ=255) cgccgcGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGCAGTGCCACCGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCGCCCAGCGTGTTTTCGATGGTCAGATTTTGCAGTTGCATGCCATTGTTTTGTGACCAGAAGACCGCAGAGCAGAGAACACCGATAc < 1:8175/300‑1 (MQ=255) gATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGCAGTGCCACCGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCGCCCAGCGTGTTTTCGATGGTCAGATTTTGCAGTTGCAGGCCATTGTTTTGTGACCAGAAGACCGCAGAGCAGAGAACACCGATACTGTCGCTGCGTTTGct > 2:781271/1‑300 (MQ=255) cccTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGCAGTGCCACCGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCGCCCAGCGTGTTTTCGATGGTCAGATTTTGCAGTTGTAGGCCATTGTTTTGTGACCAGAAGACCGCAGAACAGAGAACACCGATACTGTCGCTGCGTTTGCTCTGGCAGCTATc > 2:49939/1‑300 (MQ=255) 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aGTACGCAGTGCCACCGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCGCCCAGCGTGTTTTCGATGGTCAGATTTTGCAGTTGCAGGCCATTGTTTTGTGACCAGAAGACCGCAGAGCAGAGAACACCGATACTGTCGCTGCGTTTGCTCTGGCAGCTATCGTACATATACCACGCTGGTTTACCTGGCATATATTTGCCGCGCGGGTTGACGTCGTGACGCCAGTCGGCAGGGCTCATGCCACCATCAAGGGAAAGCCCAATCTTCACATCAATCGGTTTTTCACCTGTACCGTACAGAGt < 1:541669/300‑1 (MQ=255) gTACGCAGTGCCACCGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCGCCCAGCGTGTTTTCGATGGTCAGATTTTGCAGTTGCAGGCCATTGTTTTGTGACCAGAAGACCGCAGAGCAGAGAACACCGATACTGTCGCTGCGTTTGCTCTGGCAGCTATCGTACATATACCACGCTGGTTTACCTGGCATATNTTTGCCGCGCGGGTTGACGTCGTGACGCCAGTCGGCAGGGCTCATGCCACCATCAAGGGAAAGCCCAATCTTCACATCAATCGGTTTTTCACCTGTACCGTACAGAGTa > 1:599511/1‑300 (MQ=255) gTACGCAGTGCCACCGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCGCCCAGCGTGTTTTCGATGGTCAGATTTTGCAGTTGCAGGCCATTGTTTTGTGACCAGAAGACCGCAGAGCAGAGAACACCGATACTGTCGCTGCGTTTGCTCTGGCAGCTATCGTACATATACCACGCTGGTTTACCTGGCATATATTTGCCGCGCGGGTTAACGTCGTGACGCCAGTCGGCAGGGCTCATGCCACCATCAAGGGAAAGCCCAATCTTCACATCAATCGGTTTTTCAACTGTACCGTACAGAGTa > 2:129603/1‑300 (MQ=255) | TTGAAACGGCTGTTTACGGCGAGGAAACCGTAGTAAATGTTGGACAGCGTAGCCGGTGCAAACACATACGCTTCTTGCTGAGTACGTGAGTTCACCACGCGGAATTCGGTGTTATCGAACACCACTGCGCCGCGACCAGAAACGATATCCACATCCCCTTCAATGTAGCTGTTGGTCACCAGCGTACGCGGCTGACGATTCGTTTCCAGACGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTTGTTAATCTGTACCTGGTCACCATCAGTACGCAGTGCCACCGCCGGATGGTTACCTGCATCTACGCTATCGCCCAGCGTGTTTTCGATGGTCAGATTTTGCAGTTGCAGGCCATTGTTTTGTGACCAGAAGACCGCAGAGCAGAGAACACCGATACTGTCGCTGCGTTTGCTCTGGCAGCTATCGTACATATACCACGCTGGTTTACCTGGCATATATTTGCCGCGCGGGTTGACGTCGTGACGCCAGTCGGCAGGGCTCATGCCACCATCAAGGGAAAGCCCAATCTTCACATCAATCGGTTTTTCACCTGTACCGTACAGAGTA > NC_000913/806281‑806877 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |