| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,558,195 | G→T | intergenic (‑116/‑73) | rtcB ← / → rtcR | RNA‑splicing ligase/DNA‑binding transcriptional activator RtcR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,558,195 | 0 | G | T | 99.2% | 436.7 / NA | 120 | intergenic (‑116/‑73) | rtcB/rtcR | RNA‑splicing ligase/DNA‑binding transcriptional activator RtcR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (55/64); minor base C (1/0); total (56/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TACCAATGGTGGAACCTTTACCCAGGTGTACATCAGGCATTACCGCAATATGTTTGAAAATAAACGGCATCTTCGCCGTATTAATAAGTTGCTGACGCGCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGTGGCTTTTGGCTTTGTCGGTACCGTACTGGATTATGCCGGGCGCGGCAGTCAGCGCTGGTCAAAATGGCGTCCGACACTCTGTTTATGCCAGCAAGAATCGTTGGTCATCGATCGACTGGAATTGTTGCACGACGCCCGCTCGCGCTCGCTATTTGAAACGCTTAAACGCGATATCGCCAGCGTTTCGCCAGAAACAGAAGTGGTGAGC > NC_000913/3557905‑3558489 | tACCAATGGTGGAACCTTTACCCAGGTGTACATCAGGCATTACCGCAATATGTTTGAAAATAAACGGCATCTTCGCCGTATTAATAAGTTGCTGACGCGCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACTTCCGTAAcc < 1:590286/300‑1 (MQ=255) aCCAATGGTGGAACCTTTACCCAGGTGTACATCAGGCATTACCGCAATATGTTTGAAAATAAACGGCATCTTCGCCGTATTAATAAGTTGCTGACGCGCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACTTCCGTAACCg > 1:237327/1‑300 (MQ=255) aCCTTTACCCAGGTGTACATCAGGCATTACCGCAATATGTTTGAAAATAAACGGCATCTTCGCCGTATTAATAAGTTGCTGACGCGCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCTGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACTTCCGTAACCGGAGATTTCCCGc < 1:531247/300‑1 (MQ=255) aCCTTTACCCAGGTGTACATCAGGCATTACCGCAATATGTTTGAAAATAAACGGCATCTTCGCCGTATTAATAAGTTGCTGACGCGCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACTTCCGTAACCGGAGATTTCCCGc > 1:408072/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |