Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,437,885 | C→T | F456F (TTC→TTT) | trkA → | NAD‑binding component of Trk potassium transporters |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,437,885 | 0 | C | T | 98.9% | 324.9 / NA | 89 | F456F (TTC→TTT) | trkA | NAD‑binding component of Trk potassium transporters |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (46/42); total (46/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTGCTTAGCCATGTGCGAAAAGCAGATATTGTTGGTGTTTCCTCATTGCGCCGCGGCGTAGCAGAAGCTATTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGATTGTCTCTTCACTGGTTGCCGATATCATCATGCCTCCTCTGGGCT > NC_000913/3437589‑3438162 | ttGCTTAGCCATGTGCGAAAAGCAGATATTGTTGGTGTTTCCTCATTGCGCCGCGGCGTAGCAGAAGCTATTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCNAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTtttttc > 2:697958/1‑300 (MQ=255) ttGCTTAGCCATGTGCGAAAAGCAGATATTGTTGGTGTTTCCTCATTGCGCCGCGGCGTAGCAGAAGCTATTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTtttttc > 1:565488/1‑300 (MQ=255) ttGCTTAGCCATGTGCGAAAAGCAGATATTGTTGGTGTTTCCTCATTGCGCCGCGGCGTAGCAGAAGCTATTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGANTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCT‑CCAGCCAAGCCCTTttttct > 1:646227/1‑300 (MQ=255) gCTTAGCCATGTGCGAAAAGCAGATATTGTTGGTGTTTCCTCATTGCGCCGCGGCGTAGCAGAAGCTATTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTtttctt > 1:713286/1‑300 (MQ=255) gCTTAGCCATGTGCGAAAAGCAGATATTGTTGGTGTTTCCTCATTGCGCCGCGGCGTAGCAGAAGCTATTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCATCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTtttctt > 2:539088/1‑300 (MQ=255) gCTTAGCCATGTGCGAAAAGCAGATATTGTTGGTGTTTCCTCATTGCGCCGCGGCGGAGCAGAAGCTATTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTtttctt > 2:322863/1‑300 (MQ=255) gCGAAAAGCAGATATCGTTGGTGTTTCCTCATTGCGCCGCGGCGTAGCAGAAGCTATTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCATGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGACAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGCGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAATTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTTTTCTTGTAATTAATAAg > 2:455597/1‑300 (MQ=255) 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ttCCTCATTGCGCCGCGGCGTAGCAGAAGCTATTTAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTTTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTAttt < 2:558320/300‑1 (MQ=255) tCCTCATTGCGCCGCGGCGTAGCAGAAGCTATTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTTTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTc > 1:751145/1‑300 (MQ=255) cTCATTGCGCCGCGGCGTAGCAGAAGCTATTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTTTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTccc < 1:130774/300‑1 (MQ=255) gcgTAGCAGAAGCTATTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTTTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGCTTATCAAgg > 2:137340/1‑300 (MQ=255) gcgTAGCAGAAGCTATTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTTTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAgg > 2:377555/1‑300 (MQ=255) gcgTAGCAGAAGCTATTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTTTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAgg > 1:684823/1‑300 (MQ=255) 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aTTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTTTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAattca > 2:592314/1‑300 (MQ=255) aTTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTAACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTTTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAattca > 2:216372/1‑300 (MQ=255) aTTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTAACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTAGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTAACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTTTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAattca > 2:202025/1‑300 (MQ=255) 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gACTCTTCCAGCCAATCCCTTTTTTCTTGTAATTAATAATGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCANAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAANGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGATTGTCTCTTCACTGGTTGCCGATATCATCATGCCTCCTCTGGGCt < 2:624551/300‑1 (MQ=255) | TTGCTTAGCCATGTGCGAAAAGCAGATATTGTTGGTGTTTCCTCATTGCGCCGCGGCGTAGCAGAAGCTATTGAAGCCGTTGCTCACGGTGATGAAAGCACCTCACGCGTTGTCGGCAGAGTCATTGACGAAATCAAGCTACCGCCAGGAACGATTATTGGAGCGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGATTGTCTCTTCACTGGTTGCCGATATCATCATGCCTCCTCTGGGCT > NC_000913/3437589‑3438162 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |