| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,099,525 | A→T | I30N (ATT→AAT) | ugd ← | UDP‑glucose 6‑dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,099,525 | 0 | A | T | 99.1% | 395.3 / NA | 108 | I30N (ATT→AAT) | ugd | UDP‑glucose 6‑dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (60/47); minor base G (0/1); total (60/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCTGATTGCAAAAACTGCTGAATTTCCTTATCAACAATAGGAGATATCCGATCATTCAGCATAGCAACGCGTGACGGTAAAATATCTAATGCCACAACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTTGACAAGCCTACATAGCCAGTACCGGAAATGGTGATTTTCATTTCATGCTCTCAGAATTAACTTAACTGTGAATCATGATGTTTTTAGCATCCTGATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCA > NC_000913/2099242‑2099804 | ggTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCTGATTGCAAAAACTGCTGAATTTCCTTATCAACAATAGGAGATATCCGATCATTCAGCATAGCAACGCGTGACGGTAAATTATCTCATGCCACaaa > 1:506760/1‑299 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gCATAGCAACGCGTGACGGTAAATTATCTAATGCCACAACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTTGACAAGCCTACATAGCCAGTACCGGAAATGGTGATTTTCATTTCATGCTCTCAGAATTAACTTAACTGTGAATCATGATGTTTTTAGCATCCTGATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTg > 1:505653/1‑300 (MQ=255) gCATAGCAACGCGTGACGGTAAATTATCTAATGCCACAACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTTGACAAGCCTACATAGCCAGTACCGGAAATGGTGATTTTCATTTCATGCTCTCAGAATTAACTTAACTGTGAATCATGATGTTTTTAGCATCCTGATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTAAGATTTTCTTTATAAGAATANCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGNTATTTg > 2:340282/1‑300 (MQ=255) tAGCAACGCGTGACGGTAAATTATCTAATGCCACAACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTTGACAAGCCTACATAGCCAGTACCGGAAATGGTGGTTTTCATTTCATGCTCTCAGAATTAACTTAACTGTGAATCATGATGTTTTTAGCATCCTGATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTNATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAGTTTAGTCTATAAGATATTTGGCa > 2:311473/1‑300 (MQ=255) | GGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCTGATTGCAAAAACTGCTGAATTTCCTTATCAACAATAGGAGATATCCGATCATTCAGCATAGCAACGCGTGACGGTAAAATATCTAATGCCACAACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTTGACAAGCCTACATAGCCAGTACCGGAAATGGTGATTTTCATTTCATGCTCTCAGAATTAACTTAACTGTGAATCATGATGTTTTTAGCATCCTGATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCA > NC_000913/2099242‑2099804 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |