| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,641,002 | T→C | intergenic (+27/+337) | ynfU → / ← cspB | putative zinc‑binding protein YnfU/cold shock‑like protein CspB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,641,002 | 0 | T | C | 99.2% | 503.6 / NA | 133 | intergenic (+27/+337) | ynfU/cspB | putative zinc‑binding protein YnfU/cold shock‑like protein CspB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (56/76); total (56/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
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aGTATTTTCGATATTTTAAGAATAGATTTAAAGCAGATAATAAAAAACCCACCTGAGCGTTTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTGTCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACAATGTTTAGCATACTTTTCCTGATTAAGATTTGGCCAAATATGCTAGCCATTGTTTCATGTATTGGACCTCCCTACTTTTTATTAAAGAGATCCAGTATTCACTACTCTGTCCGTATCTCTACTc < 2:414323/300‑1 (MQ=255) aGTATTTCCTATATTTGAATAATATATTTAAAGCAGATAATAAAAAACCTGCCTGAGCGGTTTTGAGATTTTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACAATGGTTAGCATACTTTTCCGGATTAAGATTTTGCCAAATATGCGAGCCATTGTTTCATGTATGGGACCTCCTTATTTTTTGTTAAAGAGATCCAATATTCACTACTCTGTCCGTATCTCTACTc < 1:473962/300‑1 (MQ=255) aTTTTCTATATTTTAATAATATATTTAAAGCAGATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGGAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACAAGGGTGAGCATACTTTTCCTGATTAAGATTTTGCCAAATATGCTAGCCATTGTTTCATGTATTGGACCTCCTTACTTTTTATGAAAGAGATCCAAGATTCACTACTCTGTCCGTATCTCTACTCAgg < 1:370650/300‑1 (MQ=255) | GAAAGTCATATATAAAATAATAATACGAGAAATGTTTTCATATTTAGTGTACTGTATACGGCCATTTATACAGGAAAAGCCTATGTCAGAACGTAAAAACTCAAAATCACGCCGTAATTATCTCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTGTAGCCTGATTGATTTTATTAGTAACAAGTATTTTTTATATTTTAATAATATATTTAAAGCAGATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACAATGGTTAGCATACTTTTCCTGATTAAGATTTTGCCAAATATGCTAGCCATTGTTTCATGTATTGGACCTCCTTACTTTTTATTAAAGAGATCCAATATTCACTACTCTGTCCGTATCTCTACTCAGG > NC_000913/1640723‑1641296 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |