Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,470,627 | 0 | C | A | 28.8% | 262.9 / 16.8 | 125 | pseudogene (109/3495 nt) | ydbA | putative outer membrane protein, N‑terminal fragment |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/61); new base A (36/0); total (64/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-14 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTGAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGTTATTACAAAATGGTAAAGATCCGGCACCGTCTCCCATTGTTTTACTGGCTACTAACGGAGGGAGCGCCACTAATGCAGGTACGATCACAGGTAAAGTGACGGAACAACATAGCGTATTTAACAAGTATTCAACGGGCACATCGAATTCATTTATTTTTAATAACGATGTCAGTAGCATAACAGGGTTAGTCGCTCAATCGAATAGCACAATTATCAATACTGACAGCGGCATCATTGATTTGTATGGTCGTGGTAGTGTCGGCATGCTTGCTATAGCAGATTCAACAGCAGAAAATCAGGGTAAAATTACACTGGATTCTATGTGGG > NC_000913/1470328‑1470921 | gAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTGAAAATACAACAAGTATAAATAGTGGCACGATCTCGTTATTAAAAAATGGTAAAGATCCGGCAACGtctc > 2:17278/1‑300 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |