| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 3,415,631 | C→T | P200L (CCG→CTG) | acrF → | multidrug efflux pump RND permease AcrF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,415,631 | 0 | C | T | 99.2% | 468.4 / NA | 122 | P200L (CCG→CTG) | acrF | multidrug efflux pump RND permease AcrF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (94/27); minor base G (0/1); total (94/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
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gTATCTGGCTGGATGCCGATCTGCTAAACAAATATAAACTGACACTGGTTGATGTGATTAACCAGTTGAAGGTACAGAACGATCAGATCGCTGCCTGACAGTTGGGCGGAACGCCAGCGTTACCAGGGCAACAATTGAACGCCTCGATTATTGCTCAGACGCGGTTTAAAAATCCGGAAGAATTCGGCAAAGTGACCCTGCGCGTAAACAGTGACGGCTCGGTGGTACGCCTGAAAGATGTCGCACGGGTTGAACTTGGCGGTGAAAACTATAACGTTATCGCTCGTATCAACGGAAAAc > 1:451598/1‑300 (MQ=255) gTATCTGGCTGGATGCCGATCTGCTAAACAAATATAAACTGACACTGGTTGATGTGATTAACCAGTTGAAGGTACAGAACGATCAGATCGCTGCCGGACAGTTGGGCGGAACGCCAGCGTTACCAGGGCAACAATTGAACGCCTCGATTATTGCTCAGACGCGGTTTAAAAATCCGGAAGAATTCGGCAAAGTGACCCTGCGCGTAAACAGTGACGGCTCGGTGGTACGCCTGAAAGATGTCGCACGGGTTGAACTTGGCGGTGAAAACTATAACGTTATCGCTCGTATCAACGGAAAAc > 1:515786/1‑300 (MQ=255) gTATCTGGCTGGATGCCGATCTGCTAAACAAATATAAACTGACACTGGTTGATGTGATTAACCAGTTGAAGGTACAGAACGATCAGATCGCTGCCGGACAGTTGGGCGGAACGCCAGCGTTACCAGGGCAACAATTGAACGCCTCGATTATTGCTCAGACGCGGTTTAAAAATCCGGAAGAATTCGGCAAAGTGACCCTGCGCGTAAACAGTGACGGCTCGGTGGTACGCCTGAAAGATGTCGCACGGGTTGAACTTGGCGGTGAAAACTATAACGTTATCGCTCGTATCAACGGAAAAc > 2:445195/1‑300 (MQ=255) tATCTGGCTGGATGCCGATCTGCTAAACAAATATAAACTGACACTGGTTGATGTGATTAACCAGTTGAAGGTACAGAACGATCAGATCGCTGCCGGACAGTTGGGCGGAACGCCAGCGTTACCAGGGCAACAATTGAACGCCTCGATTATTGCTCAGACGCGGTTTAAAAATCCGGAAGAATTCGGCAAAGTGACCCTGCGCGTAAACAGTGACGGCGCGGTGGTACGCCTGAAAGATGTCGCACGGGTTGAACTTGGCGGTGAAAACTATAACGTTATCGCTCGTATCACCGGAAAAcc > 2:502481/1‑300 (MQ=255) aTGCCGATCTGCTAAACAAATATAAACTGACACTGGTTGATGTGATTAACCAGTTGAAGGTACAGAACGATCAGATCGCTGCCGGACAGTTGGGCGGAACGCCAGCGTTAACAGGGAAACAATTGAACGCCTCGATTATTGCTCAGACGCGGTTTAAAAATCCGGAAGAATTCGGCAAAGTGACCCTGCGCGTAAACAGTGACGGCTCGGTGGTACGCCTGAAAGATGTCGCACGGGTTGAACTTGGCGGTGGAAACTATAACGTTATCGCTCGTATCAACGGAAAACCGGCGGCGGGca > 2:63920/1‑299 (MQ=255) aaCTGACACTGGTTGATGTGATTAACCAGTTGAAGGTACAGAACGATCAGATCGCTGCCGGACAGTTGGGCGGAACGCCAGCGTTACCAGGGCAACAATTGAACGCCTCGATTATTGCTCAGACGCGGTTTAAAAATCCGGAAGAATTCGGCAAAGTGACCCTGCGCGTAAACAGTGACGGCTCGGTGGTACGCCTGAAAGATGTCGCACGGGTTGAACTTGGCGGTGAAAACTATAACGTTATCGCTCGTATCAACGGAAAACCGGCGGCGGGCCTGGGGATTAAGCTGGCAACCGgcg > 1:234175/1‑300 (MQ=255) | CGCAAGTGCAGGTGCAGAACAAACTCCAGCTCGCCACGCCGTTGCTGCCGCAGGAGGTTCAGCAGCAGGGGATCAGTGTTGAAAAGTCCAGTAGCAGCTATTTGATGGTGGCGGGCTTTGTCTCTGATAACCCAGGCACCACACAGGACGATATCTCGGACTATGTGGCCTCTAACGTTAAAGATACGCTTAGCCGTCTGAATGGCGTCGGTGACGTACAGCTTTTCGGCGCACAGTATGCGATGCGTATCTGGCTGGATGCCGATCTGCTAAACAAATATAAACTGACACCGGTTGATGTGATTAACCAGTTGAAGGTACAGAACGATCAGATCGCTGCCGGACAGTTGGGCGGAACGCCAGCGTTACCAGGGCAACAATTGAACGCCTCGATTATTGCTCAGACGCGGTTTAAAAATCCGGAAGAATTCGGCAAAGTGACCCTGCGCGTAAACAGTGACGGCTCGGTGGTACGCCTGAAAGATGTCGCACGGGTTGAACTTGGCGGTGAAAACTATAACGTTATCGCTCGTATCAACGGAAAACCGGCGGCGGGCCTGGGGATTAAGCTGGCAACCGGCG > NC_000913/3415340‑3415921 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |