| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,891,920 | C→T | intergenic (‑22/‑294) | cysJ ← / → queD | sulfite reductase, flavoprotein subunit/6‑carboxy‑5,6,7,8‑tetrahydropterin synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,891,920 | 0 | C | T | 99.1% | 411.2 / NA | 114 | intergenic (‑22/‑294) | cysJ/queD | sulfite reductase, flavoprotein subunit/6‑carboxy‑5,6,7,8‑tetrahydropterin synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (72/41); minor base G (0/1); total (72/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CAGTTTTGCTGCTAATAAATCATCACGTAATGCTTCAGCAACCCGGCGCGCATTGCCGGTTTGCGAGGCGGAGATAATAGTTATACCCGGCATTTCTGCGGCTGGCGCTGGCGTCGCTGCAAGCGCAGCAGGCTGCTGATTGAGTACGCCCCAGAAATAGCCAGAAACCCAGGCAAGCTGGGTGGGAGTTAAATCGGTCGTGGCCGCCTGAAGGCGTGCCAGTTGCTCCGGGTTCAACGGAAGCAACGCGGAAGGTGGGACCTGTGTCGTCATGCGTCGTTATGTTCCAGTAAGCAAAGCTGTTTCTGCGCCCTGTCAGCGCCCATAAAACAGAAGAGAAGGTAAGGTTAACGGGGCAAACGGTGTGGATTAAAGACGGGATAGCGATAACTAATAACCAAATCGACTAACCTGTTTTAGCAATAGTCTTTAACAACAAAATAGATTAACCAACCTAATGAAAAACAAATGAATTTAGCCAATCATTAAGATAAATCAGCGATTTTGCGCAACAAAGTCGTTTTAGATAATGCGAAAAAACAGCCTTTCCGGTACTCTACGGCGGTTTTATCGTCCTGTAGAGAAA > NC_000913/2891626‑2892211 | catttttGCTGCTAATAAATCATCACGTAATGCTTCAGCAACCCGGCGCGCATTGCCGGTTGGCTAGGCGGAGATAATAGTTATACCCGGCATTTCTGCGGCTGGCGCTGTCGTCGCTGCAAGCGCAGCAGGCTGCTGATTGAGTACGCCCCAGAAATAGCCAGAAACCCAGGCAAGCTGGGTGGGAGTTAAATCGGTCGTGGCCGCCTGAAGGCGTGCCAGTTGCTCCGGGTTCAACGGAAGCAACGCGGAAGGTGGGACCTGTGTCGTCATGCGTCGTTATGTTCCAGTAAGTAAAGc < 2:231105/297‑1 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aTGTTCCAGTAAGTAAAGCTGTTTCTGCGCCCTGTCAGCGCCCATAAAACAGAAGAGAAGGTAAGGTTAACGGGGCAAACGGTGTGGATTAAAGACGGGATAGCGATAACTAATAACCAAATCGACTAACCTGTTTTAGCAATAGTCTTTAACAACAAAATAGATTAACCAACCTAATGAAAAACAAATGAATTTAGCCAATCATTAAGATAAATCAGCGATTTTGCGCAACAAAGTCGTTTTAGATAATGCGAAAAAAGAGCCTTTACGGTACTCTACGGCGGTTTTATCGTCCTGTag > 2:706294/1‑300 (MQ=255) ccAGTAAGTAAAGCTGTTTCTGCGCCCTGTCAGCGCCCATAAAACAGAAGAGAAGGTAAGGTTAACGGGGCAAACGGTGTGGGTTAAAGACGGGATAGCGATAACTAATAACCAAATCGACTAACCTGTTTTAGCAATAGTCTTTAACAACAAAATAGATTAACCAACCTAAGGAAAAACAAATGAATTTAGCCAATCATTAAGATAAATCATCGATTTTGCGCAACAAAGTCGTTTTAGATAAGGCGAAAAAACAGCCTTTCCGGTACTCTACGGCGGTTTTATCGTCCTGTAGAGaaa < 2:113188/300‑1 (MQ=255) ccAGTAAGTAAAGCTGTTTCTGCGCCCTGTCAGCGCCCATAAAACAGAAGAGAAGGTAAGGTTAACGGGGCAAACGGTGTGGATTAAAGACGGGATAGCGATAACTAATAACCAAATCGACTAACCTGTTTTAGCAATAGTCTTTAACAACAAAATAGATTAACCAACCTAATGAAAAACAAATGAATTTAGCCAATCATTAAGATAAATCAGCGATTTTGCGCAACAAAGTCGTTTTAGATAATGCGAAAAAACAGCCTTTCCGGTACTCTAAGGCGGTTTTATCGTCCTGTAGAGaaa > 2:89451/1‑300 (MQ=255) | CAGTTTTGCTGCTAATAAATCATCACGTAATGCTTCAGCAACCCGGCGCGCATTGCCGGTTTGCGAGGCGGAGATAATAGTTATACCCGGCATTTCTGCGGCTGGCGCTGGCGTCGCTGCAAGCGCAGCAGGCTGCTGATTGAGTACGCCCCAGAAATAGCCAGAAACCCAGGCAAGCTGGGTGGGAGTTAAATCGGTCGTGGCCGCCTGAAGGCGTGCCAGTTGCTCCGGGTTCAACGGAAGCAACGCGGAAGGTGGGACCTGTGTCGTCATGCGTCGTTATGTTCCAGTAAGCAAAGCTGTTTCTGCGCCCTGTCAGCGCCCATAAAACAGAAGAGAAGGTAAGGTTAACGGGGCAAACGGTGTGGATTAAAGACGGGATAGCGATAACTAATAACCAAATCGACTAACCTGTTTTAGCAATAGTCTTTAACAACAAAATAGATTAACCAACCTAATGAAAAACAAATGAATTTAGCCAATCATTAAGATAAATCAGCGATTTTGCGCAACAAAGTCGTTTTAGATAATGCGAAAAAACAGCCTTTCCGGTACTCTACGGCGGTTTTATCGTCCTGTAGAGAAA > NC_000913/2891626‑2892211 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |