| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,840,299 | C→T | A259V (GCC→GTC) | ascF → | beta‑glucoside specific PTS enzyme IIBC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,840,299 | 0 | C | T | 98.8% | 307.4 / NA | 86 | A259V (GCC→GTC) | ascF | beta‑glucoside specific PTS enzyme IIBC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (36/49); total (36/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGCCATTATGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCTTTACGCCAACCATCATTCAGACCATTGCCGAAACCGGCAAAGAAGGGATGGTCATGCCGTCAGAGATCGGCGCTAACCTGTCGCTGGGCGGTTCATCACTGGCAGTGGCGTGGAA > NC_000913/2840005‑2840575 | tGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCAc < 1:482284/300‑1 (MQ=255) gCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGNGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACNGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCAcc > 2:776844/1‑300 (MQ=255) gCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCt > 1:833676/1‑300 (MQ=255) gCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTAAACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCt > 1:308547/1‑300 (MQ=255) tCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATcc < 1:60369/300‑1 (MQ=255) tCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAACCAAGATGTCGTTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTATACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACTGCTGGCAATcc < 2:85099/300‑1 (MQ=255) aTCTGCCGCCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGGGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGAt > 2:746622/1‑300 (MQ=255) tGCCGCCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTgg < 1:233327/300‑1 (MQ=255) aTTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTAt > 1:395886/1‑300 (MQ=255) aaaCCAATATGTCTCGGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGa < 2:744151/300‑1 (MQ=255) aaaCCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGa < 1:12197/300‑1 (MQ=255) ccAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCg > 1:32533/1‑300 (MQ=255) ccAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCACGATTGGTATCTGGATCg > 1:96288/1‑300 (MQ=255) aaTATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGt < 1:547531/300‑1 (MQ=255) ggCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTc < 1:709161/300‑1 (MQ=255) gggTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATNTCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACANCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTacac < 2:560271/300‑1 (MQ=255) gggTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGTGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTacac < 2:14530/300‑1 (MQ=255) gggTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTTGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTacac < 1:285190/300‑1 (MQ=255) gggTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTacac < 1:790756/300‑1 (MQ=255) 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tgtgCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCAt < 2:701243/300‑1 (MQ=255) gtgCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAGGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCAtt > 1:118862/1‑300 (MQ=255) gtgCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTNAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCAtt > 2:727679/1‑300 (MQ=255) 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gCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGCCATTATGGgcgcg > 1:774814/1‑300 (MQ=255) gCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGAACTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGCCATTATGGgcgcg > 1:705108/1‑300 (MQ=255) aTGTCGAATTTTCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGTTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGTTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGTCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCCGGCTTTCAGTCGCCATTATGGGCGCGCTGTGGCCTctgc < 2:24084/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |