| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,809,423 | G→A | intergenic (+1299/‑194) | proX → / → ygaZ | glycine betaine ABC transporter periplasmic binding protein ProX/L‑valine exporter, YgaZ component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,809,423 | 0 | G | A | 99.0% | 345.6 / NA | 97 | intergenic (+1299/‑194) | proX/ygaZ | glycine betaine ABC transporter periplasmic binding protein ProX/L‑valine exporter, YgaZ component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (50/46); minor base C (1/0); total (51/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCGCACCACACCACAACTTTCGGTCTGCTGCTGCTATTACTTTCATGGCTGGCGATCTGGTTTGGTCACACTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGTCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGAAAGCCCTACTCCACAGCCTGCTCCTGGTTCGGCGACCTTCATGGAAGGATGCAAAGACAGTTTACCGATTGTTATTAGTTATATTCCGGTGGCCTT > NC_000913/2809133‑2809717 | atcacaccacaccaCAACTTGCGGTCTGCTGCTGCTATTACTTTCATGGCTTTCGATCTTGTTTGGTCACACTTCCGTACTGCCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATGTCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAGTCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGTCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCGGGCTGACGCGACGAt < 2:111475/296‑1 (MQ=255) tCGCACCACACCACAACTTTCGGTCTGCTGCNGCTATTACTTTCATGGCTGGCGATCTGGTTTGGTCACACTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGNCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGAtt > 2:599684/1‑300 (MQ=255) ctgcgagatgtgtataagagacaggctATTACTTTCATGGCTGGCGATCTGGTTTGGTCACACTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGt > 1:501607/25‑300 (MQ=255) caccacaACTTTCGGTCTGCTGCTGCTATTACTTTCATGGCTGGCGATCTGGTTTGGTCACACTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGt > 1:713902/1‑300 (MQ=255) caccacaACTTTCGGTCTGCTGCTGCTATTACTTTCATGGCTGGCGATCTGGTTTGGTCACACTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTAGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGt > 2:412633/1‑300 (MQ=255) caACTTTCGGTCTGCTGCTGCTATTACTTTCATGGCTGGCGATCTGGTTTGGTCACACTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACt < 1:305541/300‑1 (MQ=255) aaCTTTCGGTCTGCTGCTGCTATTACTTTCATGGCTGGCGATCTGGTTTGGTCACACTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACtt < 1:813042/300‑1 (MQ=255) cTTTCGGTCTGCTGCTGCTATTACTTTCATGGCTGGCGATCTGGTTTGGTCACACTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTAc > 1:448773/1‑300 (MQ=255) tCGGTCTGCTGCTGCTATTACTTTCATGGCTGTCGATCTGGTTTGGTCACACTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGTCCTGGTTAACTTActgg < 1:478768/300‑1 (MQ=255) gTCTGCTGCTGCTATTACTTTCATGGCTGGCGATCTGGTTTGGTCACACTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTActggtct > 2:241755/1‑300 (MQ=255) ctgctgctgCTATTACTTTCATGGCTGGCGATCTGGTTTGGTCACACTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTActggtctgg > 2:632150/1‑300 (MQ=255) tgctATTACTTCCATTGCTTGCGATCTGTTTTGGTCACACTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAg < 2:464488/300‑1 (MQ=255) ggcGATCTGGTTTGGTCACACTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGc < 2:702496/300‑1 (MQ=255) 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cTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTANTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCANTCAGCa > 2:679922/1‑300 (MQ=255) cTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCa > 1:100884/1‑300 (MQ=255) cTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCATGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCa > 1:335804/1‑300 (MQ=255) 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tCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTacac < 1:366925/300‑1 (MQ=255) tCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTacac > 2:474420/1‑300 (MQ=255) tCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACACGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTacac < 1:387318/300‑1 (MQ=255) aTCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGGCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTtata > 2:788911/1‑300 (MQ=255) tCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTCCTGGTCTGGTGGCGAGGTTTCCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATaa > 2:803728/1‑300 (MQ=255) ttgTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAggg < 1:28516/298‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTNTTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGNGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAggg < 2:651665/300‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAggg < 1:29273/300‑1 (MQ=255) gcgagatgtgtataagagacaggggCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGACGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAggg > 1:534135/23‑300 (MQ=255) 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ggctgacGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGTCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGAAAGCCCTACTCCACAGCCTGCTCCTGGTTCGGCGACCTTCATGGAAGGATGCAAAGACAGTTTACCGATTGTTATTAGTTATATTCCGGTGGCCtt > 1:837996/1‑300 (MQ=255) | ATCGCACCACACCACAACTTTCGGTCTGCTGCTGCTATTACTTTCATGGCTGGCGATCTGGTTTGGTCACACTTCCGTACTGGCGTTGATTATCGGAATCCTGGTGCTGGATCTCACCGTGCAGGGCGTGCATATCACTAACCAGACGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGTCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGAAAGCCCTACTCCACAGCCTGCTCCTGGTTCGGCGACCTTCATGGAAGGATGCAAAGACAGTTTACCGATTGTTATTAGTTATATTCCGGTGGCCTT > NC_000913/2809133‑2809717 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |