| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,797,193 | G→A | intergenic (‑165/‑18) | yqaE ← / → ygaV | Pmp3 family protein YqaE/putative DNA‑binding transcriptional regulator YgaV |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,797,193 | 0 | G | A | 98.2% | 396.7 / NA | 112 | intergenic (‑165/‑18) | yqaE/ygaV | Pmp3 family protein YqaE/putative DNA‑binding transcriptional regulator YgaV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (45/64); minor base C (2/0); total (47/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GGGATATACCCAAGCAGTGTCAACAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCTGCTGAGGCTGGTATATGTTGCATTTTTAGTTTAGAGTTTACTTAATTTAGAAAATACTTAAATAAATATGACTGAACTCGCGCAATTACAGGCCAGTGCCGAACAGGCAGCGGCCTTATTGAAAGCAATGAGCCACCCTAAACGATTGCTGATTCTGTGCATGCTTAGCGGTTCCCCCGGCACCAGCGCGGGAGAGCTGACGCGCATTACCGGACTGAGTGCCTCTGCGACATCACAGCATCTCGCTCGTATGCGGGACGAAGGGCTTATCGACAGCCAACGGGATGCCCAACGCATTCTATATTCCATTAAAAATGAGGCGGTAAATGCCATTATCG > NC_000913/2796910‑2797481 | gggATATACCCAAGCAGTGTCAACAGAATATNAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTANTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCTGCTGAGGCTGGTATATGTTGCATTTTTAGTTTAGAGTTTACTTAATTTAAAAAATACTtgaataaa > 2:594406/1‑300 (MQ=255) 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ttagAGNTTACTTAATTTAAAAAATACTTAAATAAATATGACTGAACTCGCGCANTTACAGGCCAGTGCCGAACAGGCAGCGGCCTTATTGAAAGCAATGAGCCACCCTAAACGATTGCTGATTCTGTGCATGCTTAGCGGTTCCCCCGGCACCAGCGCGGGAGAGCTGACGCGCATTACCGGACTGAGTGCCTCTGCGACATCACAGCATCTCGCTCGTATGCGGGACGAAGGGCTTATCGACAGCCAACGGGATGCCCAACGCATTCTATATTCCATTAAAAATGAGGCGGTAAATGc < 2:674662/300‑1 (MQ=255) tACTTAATTTAGAAAATACTTAAATAAATATGACTGAACTCGCGCAATTACAGGCCAGTGCCGAACAGGCAGCGGCCTTATTGAAAGCAATGAGCCACCCTAAACGATTGCTGATTCTGTGCATGCTTAGCGGTTCCCCCGGCACCAGCGCGGGAGAGCTGACGCGCATTACCGGACTGAGTGCCTCTGCGACATCACAGCATCTCGCTCGTATGCTGGACGAAGGGCTTATCGACAGCCAACGGGATGCCCAACGCATTCTATATTCCATTAAAAATGAGGCGGTAAATGCCATTATCg < 2:37325/300‑1 (MQ=255) tACTTAATTTAAAAAATACTTAAATAAATATGACTGAACTCGCGCAATTACAGGCCAGTGCCGAACAGGCAGCGGCCTTATTGAAAGCAATGAGCCACCCTAAACGATTGCTGATTCTGTGCATGCTTAGCGGTTCCCCCGGCACCAGCGCGGGAGAGCTGACGCGCATTACCGGACTGAGTGCCTCTGCGACATCACAGCATCTCGCTCGTATGCGGGACGAAGGGCTTATCGACAGCCAACGGGATGCCCAACGCATTCTATATTCCATTAAAAATGAGGCGGTAAATGCCATTATCg < 1:785349/300‑1 (MQ=255) | GGGATATACCCAAGCAGTGTCAACAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCTGCTGAGGCTGGTATATGTTGCATTTTTAGTTTAGAGTTTACTTAATTTAGAAAATACTTAAATAAATATGACTGAACTCGCGCAATTACAGGCCAGTGCCGAACAGGCAGCGGCCTTATTGAAAGCAATGAGCCACCCTAAACGATTGCTGATTCTGTGCATGCTTAGCGGTTCCCCCGGCACCAGCGCGGGAGAGCTGACGCGCATTACCGGACTGAGTGCCTCTGCGACATCACAGCATCTCGCTCGTATGCGGGACGAAGGGCTTATCGACAGCCAACGGGATGCCCAACGCATTCTATATTCCATTAAAAATGAGGCGGTAAATGCCATTATCG > NC_000913/2796910‑2797481 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |