Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 579,811 | 0 | C | T | 54.0% | 72.7 / inf | 311 | intergenic (‑217/‑69) | ybcV/ybcW | DUF1398 domain‑containing protein YbcV/uncharacterized protein YbcW |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.78e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
TTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTTTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGCTTCAATCTGGTCTGACCTCTTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCAATTAATAGTATTGGTTGCGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATACAACCGACAGATGTATGTAAGGCCAACGTGCTCAAACCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATAGCACCATTTCTATGAGTTACCCTGATGTTGTAATTGCATGTATAGAACATAAGGTGTCTCTGGAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAA > NC_000913/579513‑580110 | aGAATAAAACAATTCACAGTTTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGCTTCAATCTGGTCTGACCTCTTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCAATTAATAGTATTGGTTGCGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATACAACCGACAGATGTATGTAAGGCCAACGTGCTCAAACCTTCATAc < 1:435334/300‑1 (MQ=255) 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aaCGTGCTCAAATCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATTGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGACCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATAGCACCATTTCTATGAGTTACCCTGATGTTGTAATTGCATGTATAGAACATAAGGTGTCTCTGGAAGCATTCAGAGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTg < 2:71848/300‑1 (MQ=255) aaCGTGCTCAAATCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATAGCACCATTTCTATGAGTTACCCTGATGTTGTAATTGCATGTATAGAACATAAGGTGTCTCTGGAAGCATTCAGAGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTg < 1:98495/300‑1 (MQ=255) gCTCAAACCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATAGCACCATTTCTATGAGTTACCCTGATGTTGTAATTGCATGTATAGAANATAAGGTGTCTCTGGAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAAt > 1:575505/1‑300 (MQ=255) gCTCAAACCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATAGCACCATTTCTATGAGTTACCCTGATGTTGTAATTGCATGTATAGAACATAAGGTGTCTCTGGAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAAt > 1:365493/1‑300 (MQ=255) gCTCAAACCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATAGCACCATTTCTATGAGTTACCCTGATGTTGTAATTGCATGTATAGAACATAAGGTGTCTATGGAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGNTAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAAt > 2:625350/1‑300 (MQ=255) gCTCAAACCTTAATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATAGCACCATTTCTATGAGTTACCCTGATGTTGTAATTGCATGTATAGAACATAAGGTGTCTCTGGAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAAt > 1:517731/1‑300 (MQ=255) | TTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTTTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGCTTCAATCTGGTCTGACCTCTTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCAATTAATAGTATTGGTTGCGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATACAACCGACAGATGTATGTAAGGCCAACGTGCTCAAACCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATAGCACCATTTCTATGAGTTACCCTGATGTTGTAATTGCATGTATAGAACATAAGGTGTCTCTGGAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAA > NC_000913/579513‑580110 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |