| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,883,742 | Δ1 bp | coding (397/1509 nt) | casA ← | type I‑E CRISPR system Cascade subunit CasA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,883,742 | 0 | G | . | 98.8% | 394.0 / ‑1.5 | 81 | coding (397/1509 nt) | casA | type I‑E CRISPR system Cascade subunit CasA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base . (47/33); total (48/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
GGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGAAATTGTTTTTGAAGACGAGGTAATGTGAGGACATTGAGTAACACCGTTGAACGAAGATCGATCCCACGTACGAACGTTGTTACAGGTGTTCCTCCACGTAAACCGCTTTTAAAACCACCACCAAAACCTGGTGCCTGATTCGCCTGGTTGAATAACGCAATCGCAGTGCATCCACCACATAATGCTTCACCCTGCCCCGGTTGATTGACAAATGCACAATTCGTCGCGCCGCTTACCCCAGCCAACAGTTTTTCCATTGGAGTCACATCATTTGCTTTGACACCTTTGGTCTGCATAAAGGGATGTTCTGCGTGATTAAGGTAGAACATATCTATCCACGGCGCGATGAGTTGTTGAAACTCATCTTCAGTGAGCGGATTCATTATGCGATGTCGAAATTCAACGTCATCTTTTGCCGGGGCGATAATTTGCCCAATGCAAACCAGCAGTGCTAAAGCGGCCAGTTCCATATCGTCACGGGGCAAACTTAATCGCCAC > NC_000913/2883451‑2884040 | ggACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGAAATTGTTTTTGAAGACGAGGTAATGTGAGGACNTTGAGTAACACCGTTGAACGAAGATCGATCCCACGTACGAACGTTGTTACAGGTGTTCCTANACGTAAACCGCTTTTAAAACCACCACCAAAACCTGGTGCCTGATTCGCCTGGTTGAATAACGCACTCGCAGTGCATCCACCACATAATGCTTAAACCTGCCCCG‑CTGATTGAc > 2:665963/1‑300 (MQ=255)ggACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGAAATTGTTTTTGAAGACGAGGTAATGTGAGGACATTGAGTAACACCGTTGAACGAAGATCGATCCCACGTACGAACGTTGTTACAGGTGTTCCTCCACGTAAACCGCTTTTAAAACCACCACCAAAACCTGGTGCCTGATTCGCCTGGTTGAATAACGCAATCGCAGTGCATCCACCACATAATGCTTCACCCTGCCCCG‑TTGATTGAc > 1:158232/1‑300 (MQ=255) gACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGAAATTGTTTTTGAAGACGAGGTAATGTGAGGACATTGAGTAACACCGTTGAACGAAGATCGATCCAACGTACGAACGTTGTTACAGGTGTTCCTCCACGTAAACCGCTTTTAAAACCACCACCAAAACCTGGTGCCTGATTCGCCTAGTTGAATAACGCAATCGCAGTGCATCCACCACATAATGCTTCACACCGCCCCG‑TTAATTGACa > 2:419792/1‑300 (MQ=255) cAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGAAATTGTTTTTGAAGACGAGGNAATGTGAGGACATTGAGTAACACCGTTGAACGAAGATCGATCCCACGTACGAACGTTGTTACAGGTGTTCCTCCACGTAAACCGCTTTTAAAACCACCACCAAAACCTGGTGCCTGATTCGCCTGGTTGAATAACGCAATCGCAGTGCATCCACCACATAATGCTTCACCCTGCCCCG‑TTGATTGACaaa < 1:582943/300‑1 (MQ=255) 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ggTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGAAATTGTTTTTGAAGACGAGGTAATGTGAGGACATTGAGTAACACCGTTGAACGAAGATCGATCCCACGTACGAACGTTGTTACAGGTGTTCCTCCACGTAAACCGCTTTTAAAACCACCAACAAAACCTGGTGCCTGATTCGCCTGGTTGAATAACGCAATCGCAGTGCATCCACCACATAACGCTTCCCCCTGCCCCG‑TTGATTGACAAATGCACAATCCGTCGcgccgc > 2:161659/1‑300 (MQ=255) aCTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGAAATTGTTTTTGAAGACGAGGTAATGTGAGGACATTGAGTAACACCGTTGAACGAAGATCGATCCCACGTACGAACGTTGTTACAGGTGTTCCTCCACGTAAACCGCTTTTAAAACCACCACCAAAACCTGGTGCCTGATTCGCCTGGTTGAATAACGCAATCGCAGTGCATCCACCACATAATGCTTCACCCTGCCCCG‑TTGATTGACAAATGCACAATTCGTCGCGCCGCTTAcccc < 1:723319/300‑1 (MQ=255) tCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGAAATTGTTTTTGAAGACGAGGTAATGTGAGGACATTGAGTAACACCGTTGAACGAAGATCGATCCNACGTACGAACGTTGTTACAGGTGTTCCTCCACGTAAACCGCTTTTAAAACCACCACCAAAANCTGGTGCCTGATTCGCCTGGTTGAATAACGCAATCGCAGTGCATCCACCACATAATGCTTCACCGTGCCCCG‑TTGATTGACAAATGCACAATTCGTCGCGCCGCTTACCCCAg > 2:665006/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |