| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,283,305 | Δ1 bp | coding (3442/3744 nt) | narG → | nitrate reductase A subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,283,305 | 0 | C | . | 98.8% | 405.1 / ‑1.5 | 84 | coding (3442/3744 nt) | narG | nitrate reductase A subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base . (24/59); total (24/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
GCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAGAAATCCAACGGCAACCAGGAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGATGAGTTTGTTGTAGTGCGTAAGATGAAGAACATTGACTGGTTAGATGGCGAAGGCAATGACCAGGTACAGGAG > NC_000913/1283019‑1283595 | gCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAGAAATCCAACGGCAACCAGGAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCC‑GTGCGGTTGTcagc < 1:149171/300‑1 (MQ=255) ctgctgGTTTATCGTCCGCTGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATATGCCAGGAATCCAACGGCAACCAGGAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCC‑GTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGa < 2:527814/300‑1 (MQ=255) gctgGTTTATCGTCCGCCGAGCTACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAGAAATCCAACGGCAACCAGGAAGAAGCGCTCAACTTCCTTACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGTTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCC‑GTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATg < 2:351099/300‑1 (MQ=255) ggTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAGAAATCCAACGGCAACCAGGAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTACACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGTTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCC‑GTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGAcc < 1:531690/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |