| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,374,498 | G→T | G137C (GGC→TGC) | ycjP → | putative ABC transporter membrane subunit YcjP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,374,498 | 0 | G | T | 98.5% | 230.7 / ‑4.5 | 66 | G137C (GGC→TGC) | ycjP | putative ABC transporter membrane subunit YcjP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (30/35); minor base C (0/1); total (30/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
GAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTGGCATTTACGACACTGAGATGGCGCTGATCATCACCATGGTGACGCAAACTCTGCCCACCGCCGTGTTTATGCTGAAAAGCTACTTCGACACCATCCCCGATGAGATCGAAGAAGCGGCGATGATGGATGGCCTCAACCGTCTGCAAATTATCTTCCGCATCACCGTGCCGTTGGCGATGTCCGGGCTGATATCCGTGTTCGTCTACTGCTTTATGGTGGCGTGGAACGACTATCTGTTTGCGTCGATTTTCCTCTCCAGCGCCAGCAATTTCACCTTACCGGTGGGCC > NC_000913/1374210‑1374786 | gatgCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGTTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGac < 1:601934/297‑1 (MQ=255) cACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCTGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGACACTGAGATgg > 2:454698/1‑300 (MQ=255) tGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGACACTGAGATGgcgc < 1:192299/300‑1 (MQ=255) aTCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGACACTGAGATGGCGCTGa > 2:419700/1‑300 (MQ=255) aTCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGACACTGAGATGGCGCTGa > 1:607483/1‑300 (MQ=255) aTCCCACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTACGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGAAACTGAGATGGCGCTGa > 1:720959/1‑300 (MQ=255) ccTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCTTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGACACTGAGATGGCGCTGatc < 1:603951/300‑1 (MQ=255) gctgctNCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATNATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGACACTGAGATGGCGCTGATCATCAc < 2:592942/300‑1 (MQ=255) gctgctGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGACACTTAGATGGCGCTGATCATCAc < 1:398368/300‑1 (MQ=255) gctgctGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGACACTGAGATGGCGCTGATCATCAc < 1:112977/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |