| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,143,377 | C→T | S283L (TCA→TTA) | frwC → | putative PTS enzyme IIC component FrwC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,143,377 | 0 | C | T | 98.4% | 237.9 / NA | 64 | S283L (TCA→TTA) | frwC | putative PTS enzyme IIC component FrwC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (37/26); total (38/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCC > NC_000913/4143082‑4143668 | ggTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAACATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATTCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGtt > 2:25166/1‑300 (MQ=255)ggTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGtt < 1:401611/300‑1 (MQ=255) gTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTCATGTTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGAAGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTACGCAGAAGAGCGCGAAACCGGTAAAGCGGTACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGATCGGTTTAGttc > 2:217338/1‑299 (MQ=255) aTGCTGGCGTTCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGTTTgtggt < 1:230096/300‑1 (MQ=255) 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cTTCATGCTGATTGGCGTTGCTCATGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGNGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCCTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGTTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTgggg < 2:177985/300‑1 (MQ=255) gATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGAt > 2:614442/1‑300 (MQ=255) gCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCg > 1:380998/1‑300 (MQ=255) 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tttGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCAAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCGTGGTCGGTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGTGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCAGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCg > 2:43844/1‑300 (MQ=255) tttGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTACGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCg > 2:292223/1‑300 (MQ=255) tCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTATGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCACTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGTTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAg < 2:304514/300‑1 (MQ=255) 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GGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCC > NC_000913/4143082‑4143668 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |