| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,494,679 | C→T | T223T (ACC→ACT) | nirB → | nitrite reductase (NADH) large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,494,679 | 0 | C | T | 98.6% | 255.7 / NA | 71 | T223T (ACC→ACT) | nirB | nitrite reductase (NADH) large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (35/35); minor base G (0/1); total (35/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTATTGAAGACCTCAACGCCATTGAATCCTGCGCCCGTCGCAGCAAACGCGGTGCCGTTGTTGGTGGCGGCCTGTTAGGTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACCATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGTCTTCTCTACCGGTATCCGTCCGCGCGATAAGCTGGCAACCCAGTGTGGTCTGGACGTTGCTCCGCGTGGGGGTATTGTCATTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGC > NC_000913/3494402‑3494972 | cTATTGAAGACCTCAACGCCATTGAATCCTGCGCCCGTCGCAGCAAACGCGGTGCCGTTGTTGGTGGCGGCCTGTTAGGTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATNAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCg > 2:177265/1‑300 (MQ=255)cTATTGAAGACCTCAACGCCATTGAATCCTGCGCCCGTCGCAGCAAACGCGGTGCCGTTGTTGGTGGCGGCCTGTTAGGTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCg > 1:717099/1‑300 (MQ=255) aTTGAAGACCTCAACGCCATTGAATCCTGCGCCCGTCGCAGCAAACGCGGTGCCGTTGTTGGTGGCGGCCTGTTAGGTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGaa > 1:415205/1‑300 (MQ=255) ccATTGAATCCTGCGCCCGTCGCAGCAAACGCGGTGCCGTTGTTGGTGGCGGCCTGTTAGGTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTa > 1:252905/1‑300 (MQ=255) aTCCTGCGCCCGTCGCAGCAAACGCGGTGCCGTTGTTGGTGGCGGCCTGTTAGGTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGCAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAACACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGtctt > 1:333226/1‑300 (MQ=255) aTCCTGCGCCCGTCGCAGCAAACGCGGTGCCGTTGTTGGTGGCGGCCTGTTAGGTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGtctt > 2:612715/1‑300 (MQ=255) cGCAGCAAACGCGGTGCCGTTGTTGGTGGCGGCCTGTTAGGTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGTCTTCTCTACCGGTAtc < 2:387507/300‑1 (MQ=255) cGCAGCAAACGCGGTGCCGTTGTTGGTGGCGGCCTGTTAGGTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGTCTTCTCTACCGGTAtc < 1:299899/300‑1 (MQ=255) cagcaAACGCGGTGCCGTTGTTGGTGGCGGCCTGTTAGGTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGTCTTCTCTACCGGTAtccg < 1:368494/300‑1 (MQ=255) gcaAACGCGGTGCCGTTGTTGGTGGCGGCCTGTTAGGTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGTCTTCTCTACCGGTAtccgtc < 1:213424/300‑1 (MQ=255) 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tGTTAGGTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGTCTTCTCTACCGGTATCCGTCCGCGCGATAAGCTGGCAACCCAGTGTGGTc < 1:454089/300‑1 (MQ=255) tGTTAGGTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGTCTTCTCTACCGGTATCCGTCCGCGCGATAAGCCGGCAAACCAGTGTGGTc > 2:87514/1‑300 (MQ=255) tGTTAGGTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGAGCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCACAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTACGCATTTCGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGTCTTCTCTACCGGTATCCGTCCGCGCGATAAGCTGGCAACCCAGTGTGGTc < 2:253700/300‑1 (MQ=255) 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ggTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGTCTTCTCTACCGGTATCCGTCCGCGCGATAAGCTGGCAACCCAGTGTGGTCTGGAc > 1:327142/1‑300 (MQ=255) ggTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGTCTTCTCTACCGGTATCCGTCCGCGCGATAAGCTGGCAACCCAGTGTGGTCTGGAc < 2:557949/300‑1 (MQ=255) gTCTGGNAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGNATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGTCTTCTCTACCGGTATCCGTCCGCGCGATAAGCTGGCAACCCAGTGTGGTCTGGACg < 2:592263/300‑1 (MQ=255) gTCTGGAAGCCGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGTCTTCTCTACCGGTATCCGTCCGCGCGATAAGCTGGCAACCCAGTGTGGTTTGGACg > 2:48608/1‑300 (MQ=255) ccGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCCGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGTCTTCTCTACCGGTATCCGTCCGCGCGATAAGCTGGCAACCCAGTGTGGTCTGGACGTTGCTCcgc > 1:210777/1‑300 (MQ=255) ccGCAGGCGCGCTGAAAAACTTAGGTATTGAAACCCACGTTATCGAATTTGCCCCTATGCTGATGGCAGAACAGCTTGATCAGATGGGCGGCGAGCAGCTGCGTCGCAAAATCGAAAGTATGGGCGTGCGCGTTCACACCAGCAAAAACACCCTTGAGATTGTGCAGGAAGGTGTTGAAGCGCGTAAAACTATGCGTTTTGCAGACGGCAGCGAACTGGAAGTCGACTTTATCGTCTTCTCTACCGGTATCCGTCCGCGCGATAAGCTGGCAACCCAGTGTGGTCTGGACGTTGCTCcgc > 1:209806/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |