Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 878,655 | 0 | C | A | 28.6% | 195.1 / 20.8 | 98 | intergenic (+24/‑87) | bssR/yliI | regulator of biofilm formation/aldose sugar dehydrogenase YliI |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/45); new base A (28/0); total (53/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.86e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGATAACTTTTTTAAACTGAATCGCGAACTGCACGATAAATCGCTGCGGTTGAATCTTCATCTGGATCAGGAAGAGTGGAGTGCTCTTCATCATGCTGAAGAAGCATTAGCGACAGCCGCAGTATGTTTGATGAGTGGGCACCATGATTGCCCGACTGTTATTACCGTCAACGCCGATAAGCTTGAAAATTGTCTGATGAGCTTAACGCTGAGTATCCAGAGCCTGCAGAAGCACGCCATGCTTGAGAAGGCCTGAAAACTAAGGGGGAGAAAGCGTCTCCCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCGCTCTCTGGGCGGCTCCTGCAACGGTAAATGTCGAAGTACTGCAAGACAAACTCGACCATCCCTGGGCACTGGCCTTTTTACCCGATAATCACGGTATGTTAATCACTCTGCGCGGCGGCGAGTTGCGTCACTGGCAAGCAGGAAAAGGATTATC > NC_000913/878376‑878944 | agctcaCTTTCTTAAACTGAATCGCGAACTGCACGATAAATCGCTGCGGTTGAATCTTCATCTGGATCAGGAAGAGTGGAGTGCTCTTCATCATGCTGAAGAAGCATTAGCGACAGCCGCAGTATGTTTGATGAGTGGGCACCATGATTGCCCGACTGTTATTACCGTCAACGCCGATAAGCTTGAAAATTGTCTGATGAGCTTAACGCTGAGTATCCAGAGCCTGCAGAAGCACGCCATGCTTGAGAAGGCATGAAGACTAAGGGGGAGAAAGCGCCTACCCCTTCACGTTTAAGtttt > 2:294127/6‑300 (MQ=255) aTCGCGAACTGCACGATAAATCGCTGCGGTTGAATCTTCATCTGGATCAGGAAGAGTGGAGTGCTCTTCATCATGCTGAAGAAGCATTAGCGACAGCCGCAGTATGTTTGATGAGTGGGCACCATGATTGCCCGACTGTTATTACCGTCAACGCCGATAAGCTTGAAAATTGTCTGATGAGCTTAACGCTNAGTATCCAGAGCCTGCAGAAGCACGCCATGCTTGAGAAGGCCTGAAAACTAAGGGGGAGAAAGCGTCTCCCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTAt > 1:518190/1‑300 (MQ=255) cTGCACGATAAATCGCTGCGGTTGAATCTTCATCTGGATCAGGAAGAGTGGAGTGCTCTTCATCATGCTGAAGAAGCATTAGCGACAGCCGCAGTATGTTTGATGAGTGGGCACCATGATTGCCCGACTGTTATTACCGTCAACGCCGATAAGCTTGAAAATTGTCTGATGAGCTTAACGCTGAGTATCCAGAGCCTGCAGAAGCACGCCATGCTTGAGAAGGCCTGAAAACTAAGGGGGAGAAAGCGTCTCCCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCa > 1:69469/1‑300 (MQ=255) cTGCACGATAAATCGCTGCGGTTGAATCTTCATCTGGATCAGGAAGAGTGGAGTGCTCTTCATCATGCTGAAGAAGCATTAGCGACAGCCGCAGTATGTTTGATGAGTGGGCACCATGATTGCCCGACTGTTATTACCGTCAACGCCGATAAGCTTGAAAATTGTCTGATGAGCTTAACGCTGAGTATCCAGAGCCTGCAGAAGCACGCCATGCTTGAGAAGGCCTGAAAACTAAGGGGGAGAAAGCGTCTACCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATctcctaca > 1:620156/1‑297 (MQ=255) cTGCACGATAAATCGCTGCGGTTGAATCTTCATCTGGATCAGGAAGAGTGGAGTGCTCTTCATCATGCTGAAGAAGCATTAGCGACAGCCGCAGTATGTTTGATGAGTGGGCACCATGATTGCCCGACTGTTATTACCGTCAACGCCGATAAGCTTGAAAATTGTCTGATGAGCTTAACGCTGAGTATCCAGAGCCTGCAGAAGCACGCCATGCTTGAGAAGGCCTGAAAACTAAGGGGGAGAAAGCGTCTACCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCa > 1:70803/1‑300 (MQ=255) tGCACGNTAAATCGCTGCGGTTGAATCTTCATCTGGATCAGGAAGAGTGGAGTGNTCTTCATCATGCTGAAGAAGCATTAGCGACAGCCGCAGTATGTTTGATGAGTGGGCACCATGATTGCCCGACTGTTATTACCGTCAACGCCGATAAGCTTGAAAATTGTCTGATGAGCTTAACGCTGAGTATCCAGAGCCTGCAGAAGCACGCCATGCTTGAGAAGGCCTGAAAACTAAGGGGGAGAAAGCGTCTCCCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCAc < 2:597746/300‑1 (MQ=255) tGCACGATAAATCGCTGCGGTTGAATCTTCATCTGGATCAGGAAGAGTGGAGTGCTCTTCATCATGCTGAAGAAGCATTAGCGACAGCCGCAGTATGTTTGATGAGTGGNCACCATGATTGCCCGACTGTTATTACCGTCAACGCCGATAAGCTTGAAAATTGTCTGATGAGCTTAACGCTGAGTATCCAGAGCCTGCAGAAGCACGCCATGCTTGAGAAGGCCTGAAAACTAAGGGGGAGAAAGCGTCTCCCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCAc < 1:484426/300‑1 (MQ=255) 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gaAAGCGTCTACCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCGCTCTCTGGGCGGCTCCTGCAACGGTAAATGTCGAAGTACTGCAAGACAAACTCGACCATCCCTGGGCACTGGCCTTTTTACCCGATAATCACGGTATGTTAATCACTCTGCGCGGCGGCGAGTTGCGTCACTGGCAAGCAGGAAAAGGATTATc > 2:616734/1‑300 (MQ=255) | AGATAACTTTTTTAAACTGAATCGCGAACTGCACGATAAATCGCTGCGGTTGAATCTTCATCTGGATCAGGAAGAGTGGAGTGCTCTTCATCATGCTGAAGAAGCATTAGCGACAGCCGCAGTATGTTTGATGAGTGGGCACCATGATTGCCCGACTGTTATTACCGTCAACGCCGATAAGCTTGAAAATTGTCTGATGAGCTTAACGCTGAGTATCCAGAGCCTGCAGAAGCACGCCATGCTTGAGAAGGCCTGAAAACTAAGGGGGAGAAAGCGTCTCCCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCGCTCTCTGGGCGGCTCCTGCAACGGTAAATGTCGAAGTACTGCAAGACAAACTCGACCATCCCTGGGCACTGGCCTTTTTACCCGATAATCACGGTATGTTAATCACTCTGCGCGGCGGCGAGTTGCGTCACTGGCAAGCAGGAAAAGGATTATC > NC_000913/878376‑878944 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |