| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1470516 | NA (NA) | 8 (0.090) | 8/592 | 6.6 | 8.0% | noncoding (1221/1221 nt) | IS30 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 1909272 | 92 (0.990) | intergenic (+108/+36) | yobH/kdgR | uncharacterized protein YobH/DNA‑binding transcriptional repressor KdgR | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
AAAATCACTGACATGGGACAGAGGAATGGAACTGGCCAGACATCTAGAATTTACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTGAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGTTATTACAAAATGGTAAAGATCCGGCACCGTCTCCCATTGTTTTACTGGCTACTAACGGAGGGAGCGCCACTAATGCAGGTACGATCACAGGTAAAGTGACGGAACAACATAGCGTATTTAACAAGTATTCAACGGGCACATCGAATTCATTTATTTTTAATAACGATGTCAGTAGCATAACAGGGTTAGTCGCTCAATCGAATAGCACAATTATCAATAC > NC_000913/1470218‑1470814 | aaaaTCTCTGACATTGGACAGAGGAATGGAACTGGCCAGACATCTAGAATTTACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACCTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAANATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAANGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTacac < 2:498273/300‑1 (MQ=11)aaaaTCACTGACATTGGACAGAGGAATGGAACTGGCCAGACATCTAGAATTTACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCGGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACGCAACAGGAACTAGATCTGTTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTacac < 1:721206/300‑1 (MQ=2)aaaaTCACTGACATGGGACAGAGGAATGGAACTGGCCAGACATCTAGAATTTACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCANCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTacac < 2:645786/300‑1 (MQ=11)aaaaTCACTGACATGGGACAGAGGAATGGAACTGGCCAGACATCTAGAATTTACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAATAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTacac < 2:92314/300‑1 (MQ=11)aaaaTCACTGACATGGGACAGAGGAATGGAACTGGCCAGACATCTAGAATTTACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTacac < 1:38633/300‑1 (MQ=11)aaaaTCACTGACATGGGACAGAGGAATGGAACTGGCCAGACATCTAGAATTTACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTacac < 2:105690/300‑1 (MQ=11) gACATGGGACAGAGGAATGGAACTGGCCAGACATCTAGAATTTACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAAt > 1:671974/1‑300 (MQ=33) 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aaTTTACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTCTGTTACTGGTGAAAATa > 2:24939/1‑300 (MQ=255) tttACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTGAAAATaca > 1:360451/1‑300 (MQ=255) tACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATTAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTGAAAATacaac < 2:95380/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |