Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 1,555,731 | Δ1 bp | intergenic (‑62/+95) | maeA ← / ← sra | malate dehydrogenase (oxaloacetate‑decarboxylating)/ribosome‑associated protein Sra |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,555,731 | 0 | C | . | 97.9% | 691.9 / 3.6 | 143 | intergenic (‑62/+95) | maeA/sra | malate dehydrogenase (oxaloacetate‑decarboxylating)/ribosome‑associated protein Sra |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base . (82/58); total (84/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
ACGCAGGTAGATGTGTTTGTCGATTTCGGTTTTGAATCCCTGATACTGGATCCATGCTCGTTCCGCTTGTTCTTCGATGGTTTCGACCACTTCCGGCAGTAACCCCAGCAGGTTGAAGTTACGGCGTTCTTCCATGCTGAAGGCACTGCCTTTATTCAACAACGGAAATTCCAGCAGTACAGGGCCAGCGTAAGGGATATAAAGCGAACGCTGTTTTTTTGTTTTTGGTTCCATGTCACTCACTCTTTTTTGAATATCCATCCCTGGGGGGCTTTTATCGTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGTTTTAAGGACAACATCGCCGTAGCGAAGAAACACGTGCTAAA > NC_000913/1555436‑1556030 | aGGTAGATGTGTTTGTCGATTTCGGTTTTGAATCCCTGATACTGGATCCATGCTCGTTCCGCTTGTTCTTCGATGGTTTCGACCACTTCCGGCAGTAACCCCAGCAGGTTGAAGTTACGGCGTTCTTCCATGCTGAAGGCACTGCCTTTATTCAACAACGGAAATTCCAGCAGTACAGGGCCAGCGTAAGGGATATAAAGCGAACGCTGTTTTTTTGTTTTTGGTTCCATGTCACTCACTCTTTTTTGAATATCCATCCCTGGGGGGCTTTTATCGTCTTTGCTTTACCGC‑AGGGCGTCg > 1:665007/1‑300 (MQ=255) aGGTAGATGTGTTTGTCGATTTCGGTTTTGAATCCCTGATACTGGATCCATGCTCGTTCCGCTTGTTCTTCGATGGTTTCGACCACTTCCGGCAGTAACCCCAGCAGGTTGAAGTTACGGCGTTCTTCCATGCTGAAGGCACTGCCTTTATTCAAAAACGGAAATTCCAGCAGTACAGGGCCAGCGTAAGGGATATAAAGCGAACGCTGTTTTTTTGTTTTTGGTTCCATGTCAATCACTCTTTTTTGAATATCCATCCCTGGGGGGCTTTTATCGTCTTTGCTTTACCGC‑AGGGCGTCg > 2:208080/1‑300 (MQ=255) gATGTGTTTGTCGATTTCGGTTTTGAATCCCTGATACTGGATCCATGCTCGTTCCGCTTGTTCTTCGATGGTTTCGACCACTTCCGGCAGTAACCCCAGCAGGTTGAAGTTACGGCGTTCTTCCATGCTGAAGGCACTGCCTTTATTCAACAACGGAAATTCCAGCAGTACAGGGCCAGCGTAAGGGATATAAAGCGAACGCTGTTTTTTTGTTTTTGGTTCCATGTCACTCACTCTTTTTTGAATATCCATCCCTGGGGGGCTTTTATCGTCTTTGCTTTACCGC‑AGGGCGTCGGCCTc > 1:641837/1‑300 (MQ=255) tgtTTGTCGATTTCGGTTTTGAATCCCTGATACTGGATCCATGCTCGTTCCGCTTGTTCTTCGATGGTTTCGACCACTTCCGGCAGTAACCCCAGCAGGTTGAAGTTACGGCGTTCTTCCATGCTGAAGGCACTGCCTTTATTCAACAACGGAAATTCCAGCAGTACAGGGCCAGCGTAAGGGATATAAAGCGAACGCTGTTTTTTTGTTTTTGGTTCCATGTCACTCACTCTTTTTTGAATATCCATCCCTGGGGGGCTTTTATCGTCTTTGCTTTACCGC‑AGGGCGTCGGCCTCAAGt > 1:26722/1‑300 (MQ=255) 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ttGCTTTACCGC‑AGGGCGTCGTCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACANCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGCCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGTTTTAAGGACAACATCGCCGTAGCGAAGaaa < 2:529117/300‑1 (MQ=255) cTTTACCGC‑AGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGTTTTAAGGACAACATCGCCGTAGCGAAGAAacac < 1:314596/300‑1 (MQ=255) cAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTNGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGTTTTAAGGACNACATCGCCGTAGCGAAGAAACACGTGCTaaa < 2:499605/300‑1 (MQ=255) | ACGCAGGTAGATGTGTTTGTCGATTTCGGTTTTGAATCCCTGATACTGGATCCATGCTCGTTCCGCTTGTTCTTCGATGGTTTCGACCACTTCCGGCAGTAACCCCAGCAGGTTGAAGTTACGGCGTTCTTCCATGCTGAAGGCACTGCCTTTATTCAACAACGGAAATTCCAGCAGTACAGGGCCAGCGTAAGGGATATAAAGCGAACGCTGTTTTTTTGTTTTTGGTTCCATGTCACTCACTCTTTTTTGAATATCCATCCCTGGGGGGCTTTTATCGTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGTTTTAAGGACAACATCGCCGTAGCGAAGAAACACGTGCTAAA > NC_000913/1555436‑1556030 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |