| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 873,398 | Δ1 bp | coding (420/2349 nt) | pdeI → | putative c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 873,398 | 0 | C | . | 98.0% | 480.5 / 3.3 | 101 | coding (420/2349 nt) | pdeI | putative c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base . (54/45); total (55/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
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cgaGTCAGGGCGGGTTATTTTTGC‑GATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATATCTGAACGAGTATCTTGATCAAATCAGCGCTAATGATGAAGTTCTATTTTTGAAACAAGGCCATGAGATCATTGCCAAGAATCAActcgct < 1:438606/300‑1 (MQ=255) aGTCAGGGCGGGTTATTTTTGC‑GATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGGTGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATATCTGAACGAGTATCTTGATCAAATCAGCGCTAATGATGAAGTTCTATTTTTGAAACAAGGCCATGAGATCATTGCCAAGAATCAActcgctcg > 1:64378/1‑300 (MQ=255) aGTCAGGGCGGGTTATTTTTGC‑GATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTNTCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCNAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCAGGTCGATTTAAACTGGCGATATCTGAACGAGTATCTTGATCAAATCAGCGCTAATGATGAAGTTCGATTTTTGAAACAAGGCCATGAGATCATTGCCAAGAATCAActcgctcg > 2:472075/1‑300 (MQ=255) aGTCAGGGCGGGTTATTTTTGC‑GATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGCTAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATATCTGAACGAGTATCTTGATCAAATCAGCGCTAATGATGAAGTTTTATTTTTGAAACAAGGCCATGAGATCATTGCCAAGAATCAActcgcccg > 2:153607/1‑297 (MQ=255) aGTCAGGGCGGGTTATTTTTGC‑GATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATATCTGAACGAGTATCTTGATCAAATCAGCGCTAATGATGAAGTTCTATTTTTGAAACAAGGCCATGAGATCATTGCCAAGAATCAActcgctcg > 2:353332/1‑300 (MQ=255) aGTCAGGGCGGGTTATTTTTGC‑GATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATATCTGAACGAGTATCTTGATCAAATCAGCGCTAATGATGAAGTTCTATTTTTGAAACAAGGCCATGAGATCATTGCCAAGAATCAActcgctcg > 1:10407/1‑300 (MQ=255) | 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |