| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,925,013 | C→A | intergenic (‑44/‑95) | yobA ← / → holE | copper‑binding protein/DNA polymerase III subunit theta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,925,013 | 0 | C | A | 99.0% | 356.2 / NA | 100 | intergenic (‑44/‑95) | yobA/holE | copper‑binding protein/DNA polymerase III subunit theta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (51/48); minor base G (1/0); total (52/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTACAGAGCATAACCTTGTCTAATGTCTGAGTCGAGGATCATCAATTCCGGCTTGCCATCCTGGCTCACTCTTAGTAACTTTTGCCCGCGAATGATGAGGAGATTAAGAATGCTGAAGAATCTGGCTAAACTGGATCAAACAGAAATGGATAAAGTGAATGTCGATTTGGCGGCGGCCGGGGTGGCATTTAAAGAACGCTACAATATGCCGGTGATCGCTGAAGCGGTTGAACGTGAACAGCCTGAACATTTGCGCAGCTGGTTTCGCGAGCGGCTTATTGCCCACCGTTTGGCTTCGGTCAATCTG > NC_000913/1924718‑1925305 | gTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTACAGAGCATAACATTGt < 1:513246/300‑1 (MQ=255) 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GTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTACAGAGCATAACCTTGTCTAATGTCTGAGTCGAGGATCATCAATTCCGGCTTGCCATCCTGGCTCACTCTTAGTAACTTTTGCCCGCGAATGATGAGGAGATTAAGAATGCTGAAGAATCTGGCTAAACTGGATCAAACAGAAATGGATAAAGTGAATGTCGATTTGGCGGCGGCCGGGGTGGCATTTAAAGAACGCTACAATATGCCGGTGATCGCTGAAGCGGTTGAACGTGAACAGCCTGAACATTTGCGCAGCTGGTTTCGCGAGCGGCTTATTGCCCACCGTTTGGCTTCGGTCAATCTG > NC_000913/1924718‑1925305 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |