| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,201,548 | A→C | T18P (ACC→CCA) | ymfI → | uncharacterized protein YmfI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,201,548 | 0 | A | C | 98.5% | 504.8 / ‑0.3 | 135 | coding (52/342 nt) | ymfI | uncharacterized protein YmfI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (81/52); minor base . (1/1); total (82/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
AAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGAAAATACTTAGCTGTTATGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAA‑ATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGC > NC_000913/1201259‑1201841 | aaGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAANGCTAAGGATTCTCTATGGTTGAAAATNCTTAGCTGTTATGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGCCAAAAAA‑Att > 2:575310/1‑300 (MQ=255) 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aGACACAGCCGAACAGCCAAAAAA‑ATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAGATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGa > 1:144580/1‑300 (MQ=255) caGCCGAACAGCCAAAAAA‑ATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACGGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTNGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCtt > 2:631886/1‑300 (MQ=255) gCCGAACAGCCAAAAAA‑ATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCCAGCTCGATTCTTaa > 1:197429/1‑300 (MQ=255) gCCGAACAGCCAAAAAA‑ATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTCCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTaa > 1:197305/1‑300 (MQ=255) gAACAGCCAAAAAA‑ATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCGGCAGACTGATTCCAGATGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTGAAAGc < 1:644636/300‑1 (MQ=255) gAACAGCCAAAAAA‑ATGTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGNACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGNCGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGc < 2:679137/300‑1 (MQ=255) | AAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGAAAATACTTAGCTGTTATGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAA‑ATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGC > NC_000913/1201259‑1201841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |