| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,411,689 | G→T | E13* (GAA→TAA) | yhdJ → | DNA adenine methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,411,689 | 0 | G | T | 99.2% | 461.8 / NA | 132 | E13* (GAA→TAA) | yhdJ | DNA adenine methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (71/60); total (71/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
GAATGGTCAGGATGTGAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAAAACATGCCCTTTATCGATCTCCAGTGCCGCAAGCTTTTTACCATCAAAAGTCGCATCGTCTGGTC > NC_000913/3411396‑3411984 | gAATGGTCAGGATGTGAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTGGGACATGGTGGTGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATAAGGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTa < 2:56740/300‑1 (MQ=255) 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acccGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGGCCATTATTCACGGTGATGTGCTTGCCGACCTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAAAATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGAATGGCTGTTTGAAGTGATTGAAGAGTGCCACAGAGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGCATAGTACGGAAAACATGCCCTTTATCGATCTCCAGTGCCGCAAGCTTTTTCACATCaaaa > 2:288078/3‑300 (MQ=255) ggTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAAAACATGCCCTTTATCGATCTCCAGTGCCGCAAGCTTTTTACCATCAAAAGTCGCATCGTCTgg > 1:265911/1‑300 (MQ=255) tAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAAAACATGCCCTTTATCGATCTCCAGTGCCGCAAGCTTTTTACCATCAAAAGTCGCATCGTCTGGTc < 1:679409/300‑1 (MQ=255) | GAATGGTCAGGATGTGAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAAAACATGCCCTTTATCGATCTCCAGTGCCGCAAGCTTTTTACCATCAAAAGTCGCATCGTCTGGTC > NC_000913/3411396‑3411984 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |