| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1431114 = | 127 (1.190) | 16 (0.150) | 16/598 | 5.1 | 11.2% | coding (2066/3363 nt) | stfR | putative prophage side tail fiber protein StfR |
| ? | NC_000913 | = 1470516 | NA (NA) | noncoding (1221/1221 nt) | IS30 | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GTTATGCCTGGTGGCTGGACTGACAGGGGGCGTTATGCTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTGTCGTGCAAAAAACTTTTTGCCACAGACGAAATTGTAGCGCGTGGTGGTAATCAGATTCGAATGATAGGTGGGGAGTATGGTGCATTATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTGATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAA > NC_000913/1430816‑1431410 | gTTATGCCTGGTGGCTGGACTGACAGGGGGCNTTATGCTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGNGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCGTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTCAGATGGGGCGt > 2:595806/1‑300 (MQ=255) tGCCTGGTGGCTGGACTGACAGTGGGCGTTATGCTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGtt < 2:808632/300‑1 (MQ=255) tggCTGGACTGACAGGGGGCGTTATGCTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATGAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGAGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGa > 2:738707/1‑300 (MQ=255) tggCTGGACTGACAGGGGGCGTTATGCTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGNATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTNTTATGa > 2:701898/1‑300 (MQ=255) tggCTGGACTGACAGGGGGCGTTATGCTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGGCGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGa > 2:122633/1‑300 (MQ=255) ggCTGGACTGACAGGGGGCGTTATGCTTATTGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAg < 1:862097/300‑1 (MQ=255) ggCTGGACTGACAGGGGGCGTTATGCTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATAATGAGTAATAAGGGCGATGATGTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAg < 1:806430/300‑1 (MQ=255) gACTGACAGGGGGCGTTATGCTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCa > 1:542925/1‑300 (MQ=255) tGACAGGGGGCGTTATGCTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGTGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATGTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATtc < 1:552125/300‑1 (MQ=255) gccAGGGGGCGTTATGCTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATtcg > 2:271760/3‑300 (MQ=255) 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gCTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACANTGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGNGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGAt > 2:609731/1‑300 (MQ=255) cttctGGCATGTTTTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGGGTAGTAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCGATATCCGCATCTGGCGCTGATNTCATTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCGTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATa > 2:191713/5‑300 (MQ=255) cTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTANAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATa > 1:606313/1‑300 (MQ=255) ggCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTg > 1:649956/1‑300 (MQ=255) ggCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTNTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTg > 1:627373/1‑300 (MQ=255) atgtgcgggCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTGTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTGTCg < 2:427078/293‑1 (MQ=255) 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tgaGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTGTCGTGCAAAAAACTTTTTGCCACAGACGAAATTGTAGCGCGTGGTGGTAATc < 1:801367/300‑1 (MQ=255) tgaGTAAGAAGGTCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCGGTCAATATCCGCACCTTGTGCTGATCTCGTTGGTAATGATACGACCTATAAGTTTTGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTTGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTGTCGTGCAAAAAGCTTTTTGCCACAGACGAAATTGTAGCGCGTGGTGGTAATc < 2:394751/300‑1 (MQ=255) aataaGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTGTCGTGCAAAAAACTTTTTGCCACAGACGAAATTGTAGCGCGTGGTGGTAATCAGAtt < 1:328192/300‑1 (MQ=255) aGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGNGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTGTCGTGCAAAAAACTTTTTGCCACAGACGAAATTGTAGCGCGTGGTGGTAATCAGATTCGaa > 1:619568/1‑300 (MQ=255) ttcactctTTGTTCTATGTTGATGTAGTTGCTTTCTTTTTTTTTGTTTTTATTGAAGATTGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTGTCGTGCAAAAAACTTTTTGCCACAGACGAAATTGTAGCGCGTGGTGGTAATCAGATTCGAATGATAGGTgggg < 2:83177/296‑1 (MQ=255) gcgcTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTGTCGTGCAAAAAACTTTTTGCCACAGACGAAATTGTAGCGCGTGGTGGTAATCAGATTCGAATGATAGGTGTGGa < 1:287698/300‑1 (MQ=255) 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gagtgttcGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTGTCNTGCAAAAAACTTTTTGCCACAGACGAAATTGTAGCGCGTGGTGGTAATCAGATTCGAATGATAGGTGGGGAGTATGGTGCATTATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTGATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGc < 2:638949/293‑1 (MQ=255) gggCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTGTCGTGCAAAAAACTTTTTGCCACAGACGAAATTGTAGCGCGTGGTGGTAATCAGATTCGAATGATAGGTGGGGAGTATGGTGCATTATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTGATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAAATGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCAtctgtctcttat > 1:41/1‑289 (MQ=255) ggCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTGTCGTGCAAAAAACTTTTTGCCACAGACGAAATTGTAGCGCGTGGTGGTAATCAGATTCGAATGATAGGTGGGGAGTATGGTGCATTATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTGATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGcaacaa > 1:310724/1‑300 (MQ=255) | GTTATGCCTGGTGGCTGGACTGACAGGGGGCGTTATGCTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTGTCGTGCAAAAAACTTTTTGCCACAGACGAAATTGTAGCGCGTGGTGGTAATCAGATTCGAATGATAGGTGGGGAGTATGGTGCATTATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACCAATCAAGGTGATGTTTATGGTGGCTGGAATACATTAAGACCGTTTGCTATTGATAACGCAACCGGCGAACTGGTTATTGGAACCAAACTGTCCGCAAGTCTGAACGGTAATGCATTAACAGCAACAA > NC_000913/1430816‑1431410 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |