| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,773,173 | Δ1 bp | coding (893/1914 nt) | mtlA → | mannitol‑specific PTS enzyme IICBA component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,773,173 | 0 | G | . | 97.8% | 446.4 / 1.0 | 91 | coding (893/1914 nt) | mtlA | mannitol‑specific PTS enzyme IICBA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base . (55/34); total (55/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGTTCCAGTGCGATGGGCGCAGGCG > NC_000913/3772883‑3773469 | gggTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGAGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCACTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGAGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATTTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCAGCGGTATGCCTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTATGGTTTCTCCGGCATCTCCGG‑TTTTATCCtt > 2:29645/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |