| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,531,689 | A→G | intergenic (‑1185/‑127) | yncO ← / → ydcC | protein YncO/H repeat‑associated putative transposase YdcC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,531,689 | 0 | A | G | 99.2% | 501.2 / NA | 130 | intergenic (‑1185/‑127) | yncO/ydcC | protein YncO/H repeat‑associated putative transposase YdcC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (77/52); total (78/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
AGATAAATCAGCAGAAGGTGTAAGCATCCGATATTATATTTCATCAAAGGATATGGATGCTAAAGAATTTGCACATGCTATCAGAGCGCACTGGCTGATCGAGCACAGTCTTCATTGGGTGTTAGATGTAAAAATGAATGAAGATGCCAGCCGGATAAGAAGAGGAAACGCAGCCTAAATAATATCTGGAATAAAGAAGATGGCACTGAATTTATTAAGAGATTGCAAAGACATTAAGGGTGAAGAGGAAAAGAAAGAAGGCTGCGTTAAACACAGGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCTTACACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGGACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGA > NC_000913/1531399‑1531982 | agaTAAATCAGCAGAAGGTGTAAGCATCCGATATTATATTTCATCAAAGGATATGGATGCTAAAGAATTTGCACATGCTATCAGAGCGCACTGGCTGATCGAGCACAGTCTTCATTGGGTGTTAGATGTAAAAATGAATGAAGATGCCAGCCGGATAAGAAGAGGAAACGCAGCCTAAATAATATCTGGAATAAAGAAGATGGCACTGAATTTATTAAGAGATTGCAAAGACATTAAGGGTGAAGAGGAAAAGAAAGAACGCTGCGTTAAACACAGGGAAAGATCATCAGGAGTTCACtt > 2:658382/1‑300 (MQ=255) 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aGATCATCAGGAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTAGGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCTTACACATGATNAAATACTCCTTACATAATTAATGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATTGGACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATc < 2:670144/300‑1 (MQ=255) gATCATCAGGAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCTTACACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGGACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATcc > 2:337288/1‑300 (MQ=255) catcaGGAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCTTACACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGGACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGa > 1:597305/1‑300 (MQ=255) | AGATAAATCAGCAGAAGGTGTAAGCATCCGATATTATATTTCATCAAAGGATATGGATGCTAAAGAATTTGCACATGCTATCAGAGCGCACTGGCTGATCGAGCACAGTCTTCATTGGGTGTTAGATGTAAAAATGAATGAAGATGCCAGCCGGATAAGAAGAGGAAACGCAGCCTAAATAATATCTGGAATAAAGAAGATGGCACTGAATTTATTAAGAGATTGCAAAGACATTAAGGGTGAAGAGGAAAAGAAAGAAGGCTGCGTTAAACACAGGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCTTACACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGGACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGA > NC_000913/1531399‑1531982 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |