Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 1,220,493 | C→T | intergenic (+1292/+1812) | ymgF → / ← ymgD | inner membrane protein YmgF/PF16456 family protein YmgD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,220,493 | 0 | C | T | 99.2% | 429.8 / NA | 122 | intergenic (+1292/+1812) | ymgF/ymgD | inner membrane protein YmgF/PF16456 family protein YmgD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (64/56); minor base G (0/1); total (64/58) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
ATGCTGTAGATGATGAAGTTAGTGATTCTAACAGTTACGAAGTTATTAGCCGTGCTGATTTAAAAATGAATGGTGGTTCCATAACAACTAATGGCATTAATAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGGAAAAAAGCATATATTAATTTAGATTATGTGGCACTTGAAACTGTGGCTGATGGAAGTTATGCAGTTGCTATTCGACAAGGTAACATTGATATAAAAAATAGTTCTATTACAACAACAGGCACTAAAGCCCCCATTGCAAAAATATACAATGGTGGAGAGTTATTTTTTTCCAATGTCACCGCGGTATCAAAACAAGATAAAGGAATATCAATTGATGCATCAAATATCGATTCTCAAGCCAAAATAGCACTATTAAGTGTTGAACTTTCAAGTGCTTTGGATAGTATTGATGTTAACAAAACTACAACGGATGTAAGTATCCTTAATCGAAGTATTATCACACCTGGTAATAATGTTCTGGTTAATAATACTGGAGGTGACTTAAACATAATTTCGTCCGACTCTATTCTAAATGGAGCGACTAAACTCGTCAGCGGCACAACCACGCTGAAG > NC_000913/1220199‑1220776 | aTGCTGTAGATGATGAAGTTAGTGATTCTAACAGTTACGAAGTTATTAGCCGTGCTGATTTAAAAATGAATGGTGGTTCCATAACAACTAATGGCATTAATAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGGAAAAAAGCATATATTAATTTAGATTATGTGGCACTTGAAACTGTGGCTGATGGAAGTTATGCAGTTGCTATTCGACAAGGTAACATTGATATAAAAAATAGTTCTATTACAACAACAGGCACTAAAGCCCCCATTGCAAAAATATACAATGGTGGAGAGTTATTTTTTTTCAATg > 2:117043/1‑300 (MQ=255) 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ATGCTGTAGATGATGAAGTTAGTGATTCTAACAGTTACGAAGTTATTAGCCGTGCTGATTTAAAAATGAATGGTGGTTCCATAACAACTAATGGCATTAATAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGGAAAAAAGCATATATTAATTTAGATTATGTGGCACTTGAAACTGTGGCTGATGGAAGTTATGCAGTTGCTATTCGACAAGGTAACATTGATATAAAAAATAGTTCTATTACAACAACAGGCACTAAAGCCCCCATTGCAAAAATATACAATGGTGGAGAGTTATTTTTTTCCAATGTCACCGCGGTATCAAAACAAGATAAAGGAATATCAATTGATGCATCAAATATCGATTCTCAAGCCAAAATAGCACTATTAAGTGTTGAACTTTCAAGTGCTTTGGATAGTATTGATGTTAACAAAACTACAACGGATGTAAGTATCCTTAATCGAAGTATTATCACACCTGGTAATAATGTTCTGGTTAATAATACTGGAGGTGACTTAAACATAATTTCGTCCGACTCTATTCTAAATGGAGCGACTAAACTCGTCAGCGGCACAACCACGCTGAAG > NC_000913/1220199‑1220776 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |