Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,360,965 | 0 | C | A | 28.4% | 345.4 / 21.2 | 162 | E324* (GAG→TAG) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/80); new base A (46/0); total (82/80) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-18 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
TTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAATCAC > NC_000913/4360672‑4361264 | ttGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGCAt < 1:491501/300‑1 (MQ=255) 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aCGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAgg < 1:253627/300‑1 (MQ=255) ccacGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGCATTCGGTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGgag < 2:375953/300‑1 (MQ=255) aaaaTTTTCTGGAGCGTCTCCTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGt < 1:101334/300‑1 (MQ=255) 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TTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAATCAC > NC_000913/4360672‑4361264 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |