| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,555,731 | Δ1 bp | intergenic (‑62/+95) | maeA ← / ← sra | malate dehydrogenase (oxaloacetate‑decarboxylating)/ribosome‑associated protein Sra |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,555,731 | 0 | C | . | 99.0% | 505.6 / ‑3.8 | 103 | intergenic (‑62/+95) | maeA/sra | malate dehydrogenase (oxaloacetate‑decarboxylating)/ribosome‑associated protein Sra |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base . (60/42); total (61/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CAGGTAGATGTGTTTGTCGATTTCGGTTTTGAATCCCTGATACTGGATCCATGCTCGTTCCGCTTGTTCTTCGATGGTTTCGACCACTTCCGGCAGTAACCCCAGCAGGTTGAAGTTACGGCGTTCTTCCATGCTGAAGGCACTGCCTTTATTCAACAACGGAAATTCCAGCAGTACAGGGCCAGCGTAAGGGATATAAAGCGAACGCTGTTTTTTTGTTTTTGGTTCCATGTCACTCACTCTTTTTTGAATATCCATCCCTGGGGGGCTTTTATCGTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGTTTTAAGGACAACATCGCCGTAGCGAAGAAACACGTGCT > NC_000913/1555439‑1556027 | cAGGTAGATGTGTTTGTCGATTTCGGTTTTGAATCCCTGATACTGGATCCATGCTCGTTCCGCTTGTTCTTCGATGGTTTCGACCACTTCCGGCAGTAACCCCAGCAGGTTGAAGTTACGGCGTTCTTCCATGCTGAAGGCACTGCCTTTATTCAACAACGGAAATTCCAGCAGTACAGGGCCAGCGTAAGGGATATAAAGCGAACGCTGTTTTTTTGTTTTTGGTTCCATGTCACTCACTCTTTTTTGAATATCCATCCCTGGGGGGCTTTTATCGTCTTTGCTTTACCGC‑AGGGCGTc > 1:744155/1‑300 (MQ=255) 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CAGGTAGATGTGTTTGTCGATTTCGGTTTTGAATCCCTGATACTGGATCCATGCTCGTTCCGCTTGTTCTTCGATGGTTTCGACCACTTCCGGCAGTAACCCCAGCAGGTTGAAGTTACGGCGTTCTTCCATGCTGAAGGCACTGCCTTTATTCAACAACGGAAATTCCAGCAGTACAGGGCCAGCGTAAGGGATATAAAGCGAACGCTGTTTTTTTGTTTTTGGTTCCATGTCACTCACTCTTTTTTGAATATCCATCCCTGGGGGGCTTTTATCGTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGTTTTAAGGACAACATCGCCGTAGCGAAGAAACACGTGCT > NC_000913/1555439‑1556027 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |