| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,425,329 | Δ1 bp | intergenic (+90/‑48) | trkG → / → ynaK | K(+) transporter TrkG/ParB‑like nuclease domain‑containing protein YnaK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,425,329 | 0 | C | . | 99.1% | 526.2 / ‑1.6 | 108 | intergenic (+90/‑48) | trkG/ynaK | K(+) transporter TrkG/ParB‑like nuclease domain‑containing protein YnaK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base . (48/59); total (48/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ATGGTATGGGATATGATTTTCTTACATCATTTGCAACAGTGGCTGCATGTATTAATAATATGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAACACCTCCGTCCCCAGTAGCACTGGCTGCTGGGGTGCGTTTTATTCATAAAGCAAGGCTGTATGAGCGAGAAATTAAAGATAGTCTATCGCCCATTACAAGAATTGTCACCGTATGCGCACAACGCCAGGACGCACAGTACTGAGCAGGTGGCACAACTGGTAGAAAGTATTAAGCAATTCGGCTGGACTAATCCGGTGCTGATTGACGAAAAGGGCGAAATTATTGCGGGTCACGGTCGTGTTATGGCGGCTGAAATGCTCAAAATGGATTCTGTTCCGGTCATTGTTCTGTCTGGCCTGACGGATGAGCAG > NC_000913/1425034‑1425628 | aTGGTATGGGATATGATTTTCTTACATCATTTGCAACAGTGGCTGCATGTATTAATAATATGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAACACCTCCGTCCC‑AGTAg < 1:582211/300‑1 (MQ=255) 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cAGTAGCACTGGCTGCTGGGGTGCGTTTTATTCATAAAGCAAGGCTGTATGAGCGAGAAATTAAAGATAGTCTATCGCCCATTACAAGAATTGTCACCGTATGCGCACAACGCCAGGACGCACAGTACTGAGCAGGTGGCACAACTGGTAGAAAGTATTAAGCAATTCGGCTGGACTAATCCGGTGCTGATTGACGAAAAGGGCGAAATTATTGCGGGTCACGTTCGTGTTATGGCGGCTGAAATGCTCAAAATGGATTCTGTTCCGGTCATTGTTCTGTCTGGCCTGACGGATGAGCAg < 2:344014/300‑1 (MQ=255) cAGTAGCACTGGCTGCTGGGGTGCGTTTTATTCATAAAGCAAGGCTGTATGAGCGAGAAATTAAAGATAGTCTATCGCCCATTACAAGAATTGTCACCGTATGCGCACAACGCCAGGACGCACAGTACTGAGCAGGTGGCACAACTGGTAGAAAGTATTAAGCAATTCGGCTGGACTAATCCGGTGCTGATTGACGAAAAGGGCGAAATTATTGCGGGTCACGGTCGTGTTATGGCGGCTGAAATGCTCAAAATGGATTCTGTTCCGGTCATTGTTCTGTCTGGCCTGACGGATGAGCAg > 1:462946/1‑300 (MQ=255) cAGTAGCACTGGCTGCTGGGGTGCGTTTTATTCATAAAGCAAGGCTGTATGAGCGAGAAATTAAAGATAGTCTATCGCCCATTACAAGAATTGTCACCGTATGCGCACAACGCCAGGACGCACAGCACTGAGCAGGTGGCACAACTGGTAGAAAGTATTCAGCAATTCGGCTGGACTAAGCCGGTGCTGATTGACGAAAAGGGCGAAGTTATTGCGGGTCACGGTCGTGTTATGGCGGCTGAAATGCTCAAAATGGATTCTGTTCCGGTCATTGTTCTGTCTGGCCTGACGGATGAGCAg > 2:489067/1‑300 (MQ=255) | ATGGTATGGGATATGATTTTCTTACATCATTTGCAACAGTGGCTGCATGTATTAATAATATGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAACACCTCCGTCCCCAGTAGCACTGGCTGCTGGGGTGCGTTTTATTCATAAAGCAAGGCTGTATGAGCGAGAAATTAAAGATAGTCTATCGCCCATTACAAGAATTGTCACCGTATGCGCACAACGCCAGGACGCACAGTACTGAGCAGGTGGCACAACTGGTAGAAAGTATTAAGCAATTCGGCTGGACTAATCCGGTGCTGATTGACGAAAAGGGCGAAATTATTGCGGGTCACGGTCGTGTTATGGCGGCTGAAATGCTCAAAATGGATTCTGTTCCGGTCATTGTTCTGTCTGGCCTGACGGATGAGCAG > NC_000913/1425034‑1425628 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |