Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 809,217 | 2 bp→AG | coding (40‑41/1290 nt) | bioA ← | adenosylmethionine‑8‑amino‑7‑oxononanoate aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 809,217 | 0 | C | A | 99.0% | 350.4 / NA | 99 | W14M (TGG→CTG) | bioA | adenosylmethionine‑8‑amino‑7‑oxononanoate aminotransferase |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | NC_000913 | 809,218 | 0 | A | G | 99.0% | 373.1 / ‑4.4 | 99 | W14M (TGG→CTG) | bioA | adenosylmethionine‑8‑amino‑7‑oxononanoate aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (52/46); total (52/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
AGTCCGCGAGAAAAACGCACTCCAGCGGTTGCGGCGTCATCGCCACCAGTTTGCGGCACAGCTCAATGGCTGGCGCATGGGTGATACCGCCAAACATCACATGCGACATGGCATCAATTTGCGACTTCATCGCCGCATTAAGCTGCGGGTGATTGTAGCCGTGGATCGCCGCCCACCAGGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACC‑GGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCCAG‑ATATGGCGTTGGTCAAAGGCAAGATCGTCCGTTGTCATAATCGACTTGTAAACCAAATTGAAAAGATTTAGGTTTACAAGTCTACACCGAATTAACAACAAAAAACACGTTTTGGAGAAGCCCCATGGCTCACCGCCCACGCTGGACATTGTCGCAAGTCACAGAATTATTTGA‑AAAACCGTTGCTGGATCTGCTGTTTGAAGCGCAGCAGGTGCATCGCCAGCATTTCGATCCTCGTCAGGTGCAGGTCAGCACGTTGCTGTCGATTAAGACCGGAGCTTGTCC > NC_000913/808927‑809504 || aGTCCGCGAGAAAAACGCACTCCAGCGGTTGCGGCGTCATCGCCACCAGTTTGCGGCACAGCTCAATGGCTGGCGCATGGGTGATACCGCCAAACATCACATGCTACATGGCATCAATTTTCTACTTCATCGCCGCATTAAGCTGCGTNTGATTGTAGCCGTGGATCGCCGCCCANCGGGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACC‑GGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCAGG‑ATATGGc < 2:532483/300‑1 (MQ=255) aGTCCGCGAGAAAAACGCACTCCAGCGGGTGCGGCGTCATCGCCACCAGTTTGCTGCACAGCTCAACGGCTGGCGCATGGGTGATACCGCCAAACATCACATGCGACATGGCATCAATTTGCGACTTCATCGCCGCATTAAGCTGCGGTTGATTTTAGCCGTGGATCGCCGCCCACCGGGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACC‑GGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCAGG‑ATATGGc < 2:156497/300‑1 (MQ=255) tCCGCGAGAAAAACGCACTCCAGCGGTTGCGGCGTCATCGCCACCAGTTTGCGGCACAGCTCAATGGCTGGCGCATGGGTGATACCGCCAAACATCACATGCGACATGGCATCAATTTGCGACTTCATCGCCGCATTAAGCTGCGGGTGATTGTAGCCGTGGATCGCCGCCCACCAGGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACC‑GGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCAGG‑ATATGGCGt < 1:295860/300‑1 (MQ=255) aCTCCAGCGGTTGCGGCGTCATCGCCACCAGTTTGCGGCACAGCTCAATGGCTGGCGCATGGGTGATACCGCCAAACATCACATGCGACATGGCATCAATTTGCGACTTCATCGCCGCATTAAGCTGCGGGTGATTGTAGCCGTGGATCGCCGCCCACCAGGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACC‑GGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCAGG‑ATATGGCGTTGGTCAAAGGCAAGAt < 1:285032/300‑1 (MQ=255) cTCCAGCGTTTGCTTCGTCATCGCCACCAGTTTGCGGCACAGCTCAATGGCTGGNGCATTGGTGATACCGCCAAACATCACAGGCGACATGGCATCAATTTGCGACTTCATCTCCACATTAAGCTGCGGTTTATTGTAGCCGTGGATCGCCGCCCACCAGGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACC‑GGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCAGG‑ATATGGCGTTGGTCAAAGGCAAGATc < 2:593819/300‑1 (MQ=255) cTCCAGCGGTTGCGGCGTCATCGCCACCAGTTTACGGCACAGCTCACTGGCTGGCGCATGGGTGATACCGCCAAACATCACATGCGACATGGCATCAATTTGCGACTTCATCGCCGAATTAAGCTGCGGGTGATTGTAGCAGTGGATCGCCGCCCACCAGGACGACCTACCGTCAAACAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCCTCGGCGCTC‑CCACCCGGATAAAACGGCAGAGGGGCGGTCACGGATGTGTCTGGGTGCAGG‑ATATGGCGTTGGTCAAAGGCAAGATc > 2:414617/1‑300 (MQ=255) gTTGCGGCGTCATCGCCACCAGTTTGCGGCACAGCTCAATGGCTGGCGCATGGGTGATACCGCCAAACATCACATGCGACATGGCATCAATTTGCGACTTCATCGCCGCATTAAGCTGCGGGTGNTTGTAGCCGTGGATCGCCGCCCACCAGGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGNCAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACC‑GGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCAGG‑ATATGGCGTTGGTCAAAGGCAAGATCGTCCGTTg > 2:641106/1‑300 (MQ=255) 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gtgtATGGGTGCAGG‑ATATGGCGTTGGTCAAAGGCAAGATCGTCCGTTGTCATAATCGACTTGTAAACCAAATTGAAAAGATTTAGGTTTACAAGTCTACACCGAATTAACAACAAAAAACACGNTTTGGAGAAGCCCCATGGCTCACCGCCCACGCTGGACATTGTCGCAAGTCACAGAATTATTNGA‑AAAACCGTTGCTGGATCTGCTGTTTGAAGCGCAGCAGGTGCATCGCCAGCATTTCGATCCTCGTCAGGTGCAGGTCAGCACGTTGCTGTCGATTAAGACCGGAGCTTGtac > 2:648464/1‑298 (MQ=255) gtgtATGGGTGCAGG‑ATATGGCGTTGGTCAAAGGCAAGATCGTCCGTTGTCATAATCGACTTGTAAACCAAATTGAAAAAATTTAGGTTTCCAAGTCTCAACCGAATTAACAACCAAAAACACGTTTTGGAGAAGCCCCATGGCTCACCGCCCACGCTGGACATTGTCGCAAGCCACAGAATTATTTGA‑AACACCGTTGCTGGATCTGCTGTTTGAAGCGCAGCAGGTGCATCGACAGCATCTCGATCCTCGTCAGGTGCAGGTCAGCACGTTGCTGTCGATTAAGACCGGAGCTTGtac > 1:798598/1‑298 (MQ=255) || AGTCCGCGAGAAAAACGCACTCCAGCGGTTGCGGCGTCATCGCCACCAGTTTGCGGCACAGCTCAATGGCTGGCGCATGGGTGATACCGCCAAACATCACATGCGACATGGCATCAATTTGCGACTTCATCGCCGCATTAAGCTGCGGGTGATTGTAGCCGTGGATCGCCGCCCACCAGGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACC‑GGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCCAG‑ATATGGCGTTGGTCAAAGGCAAGATCGTCCGTTGTCATAATCGACTTGTAAACCAAATTGAAAAGATTTAGGTTTACAAGTCTACACCGAATTAACAACAAAAAACACGTTTTGGAGAAGCCCCATGGCTCACCGCCCACGCTGGACATTGTCGCAAGTCACAGAATTATTTGA‑AAAACCGTTGCTGGATCTGCTGTTTGAAGCGCAGCAGGTGCATCGCCAGCATTTCGATCCTCGTCAGGTGCAGGTCAGCACGTTGCTGTCGATTAAGACCGGAGCTTGTCC > NC_000913/808927‑809504 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |