| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,366,433 | G→A | G295D (GGC→GAC) | puuE → | 4‑aminobutyrate aminotransferase PuuE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,366,433 | 0 | G | A | 98.7% | 271.0 / ‑4.0 | 79 | G295D (GGC→GAC) | puuE | 4‑aminobutyrate aminotransferase PuuE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (37/41); minor base C (1/0); total (38/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
GAAGCAGGTGGCGGCGATTATTTTCGAACCGGTGCAGGGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGGCACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGTAGAGTTTAACGATCCGCAAACGGGCGAGCCGTCAGCGGCGATTGCACAGAAAATCCAGCAACGCGCGCTGGCGCAGGGGCTGCTCCTGCTGACCTGTGGCGCATACGGC > NC_000913/1366137‑1366725 | gaagcAGGTGGCGGCGATTATTTTCGAACCGGTGCAGGGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGacac < 1:755277/300‑1 (MQ=255) aagcAGGTGGCGGCGATTATTTTCGAACCGGTGCAGGGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATTATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACAcc > 1:761164/1‑300 (MQ=255) ggTGGCGGCGATTATTTTCGAACCGGTGCAGGGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGc < 1:735971/300‑1 (MQ=255) ggTGGCGGCGATTATTTTCGAACCGGTGCAGGGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGAGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTAGTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGc < 1:746897/300‑1 (MQ=255) gATTATTTTCGAACCGGTGCAGGGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAAccc < 1:642006/300‑1 (MQ=255) ggggCAGGGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGc < 1:502130/297‑1 (MQ=255) gTGCAGGGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGcc > 1:516014/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |