| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,159,493 | C→T | G433D (GGC→GAC) | sthA ← | soluble pyridine nucleotide transhydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,159,493 | 0 | C | T | 98.8% | 304.1 / NA | 86 | G433D (GGC→GAC) | sthA | soluble pyridine nucleotide transhydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (58/27); minor base G (0/1); total (58/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATCACTTTACTGCCAGCGCTGGCTGTGCCGCCGGAGCGCAAACGCGATGGGGTTGTTTATCTGCCGTGCATTAAGCCGGAACCACGCCGCACTATTGGCCTGGTTTATCGTCCTGGCTCACCGCTGCGCAGCCGCTATGAGCAGCTGGCAGAGGCCATCCGCGCAAGAATGGATGGCCATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGGTTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCCATCGTCGGGTAGTTAAAGGTGGTGTTGACGAAGTACTCAATAGTGTTGCCGCCACCTTTCTGTTCCATAATCGCCTGACCGATATGAATAATTTCGGCAGCGCGCTCGCCAAAGCAGTGAATACCCAGAATCTCTTTTGTTTCCCGATGGAACAAAATTTTCAGCGTGCCCACGTTCATGCCGACGATTTGTGCGCGTGCCAGATGTTTAAACTGGGCGCGGCCCACTTCATATGGCACTTTCATTGCGGTCAGCTGCTGTTCGGTTTTGCCCACAGAGCTGATTTCCGGGATGGTGTAAATACCGGTAGGGATATCTTCAATCAGATGTGCGGTGGCTTCGCCTTTTACC > NC_000913/4159197‑4159792 | gATCACTTTACTGCCAGCGCTGGCTGTGCCGCCGGAGCGCAAACGCGATGGGGTTGTTTATCTGCCGTGCATTAAGCCGGAACCACGCCGCACTATTGGCCTGGTTTATCGTCCTGGCTCACCGCTGCGCAGCCGCTATGAGCAGCTGGCAGAGGCCATCCGCGCAAGAATGGATGGCCATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGGTTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCCATCGTCGGGTAGTTAAAGGTGGTGTTGACGAAGTACTCAATAGTGTTGCCGTCAc > 1:469855/1‑300 (MQ=255) aCTTTACTGCCAGCGCTGGCTGTGCCGCCGGAGCGCAAACGCGATGGGGTTGTTTATCTGCCGTGCATTAAGCCGGAACCACGCCGCACTATTGGCCTGGTTTATCGTCCTGGCTCACCGCTGCGCAGCCGCTATGAGCAGCTGGCAGAGGCCATCCGCGCAAGAATGGATGGCCATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGGTTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCCATCGTCGGGTAGTTAAAGGTGGTGTTGACGAAGTACTCAATAGTGTTGCCGTCACCttt > 1:265674/1‑300 (MQ=255) cTTTACTGCCAGCGCTGGCTGTGCCGCCGGANCGCAAACGCGATGGGGTTGTTTATCTGCCGTGCATTAAGCCGGAACCACGCCGCACTATTGGCCTGGTTTATCGTCCTGGCTCACCGCTGCGNAGCCGCTATGAGCAGCTGGCAGAGGCCATCCGCGCAAGAATGGATGGCCATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGGTTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCCATCGTCGGGTAGTTAAAGGTGGTGTTGACGAAGTACTCAATAGTGTTGCCGTCACCTTTc > 2:583997/1‑300 (MQ=255) cTTTACTGCCAGCGCTGGCTGTGCCGCCGGAGCGCAAACGCGATGGGGTTGTTTATCTGCCGTGCATTAAGCCGGAACTACGCCGCACTATTGGCCTGGTTTATCGTCCTGGCTCACCGCTGCGCAGCCGCTATGAGCAGCTGGCAGAGGCCATCCGCGCAAGAATGGATGGCCATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGGTTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCCATCGTCGGGTAGTTAAAGGTGGTGTTGACGAAGTACTCAATAGTGTTGCCGTCACCTTTc > 2:490020/1‑300 (MQ=255) cTTTACTGCCAGCGCTGGCTGTGCCGCCGGAGCGCAAACGCGATGGGGTTGTTTATCTGCCGTGCATTAAGCCGGAACCACGCCGCACTATTGGCCTGGTTTATCGTCCTGGCTCACCGCTGCGCAGCCGCTATGAGCAGCTGGCAGAGGCCATCCGCGCAAGAATGGATGGACATTTCGATAAAGTTTTAAAANAGGCGGTTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCCATCGTCGGGTAGTTAAAGGTGGTGTTGACGAAGTACTCAATAGTGTTGCCGTCACCTTTc > 2:711250/1‑300 (MQ=255) ttGCCAGCGCTGGCTGTGCCGCCGGAGCGCAAACGCGATGGGGTTGTTTATCTGCCGTGCATTAAGCCGGAACCACGCCGCACTATTGGCCTGGTTTATCGTCCTGGCTCACCGCTGCGCAGCCGCTATGAGNAGCTGGCAGAGGCCATCCGCGCAAGAATGGATGGCCATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGGTTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCCATCGTCGGGTAGTTAAAGTTGGTGTTGACGAAGTACTCAATAGTGTTGCCGTCACCTTTCTGTTc < 2:195903/299‑1 (MQ=255) cTGCCAGCGCTGGCTGTGCCGCCTGAGCGCAAACGCGATGGGGTTGTTCATCTGCCGTGCATTAAGCCGGAACCACGCCGCACTATTGGCCTGGTTTATCGTCCTGGCTCACCGCTGCGCAGCCGCTATGAGCAGCTGGCAGAGGCCATCCGCGCAAGAATGGATGGCCATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGGTTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCCATCGTCGGGTAGTTAAAGGTGGTGTTGACGAAGTACTCAATAGTGTTGCCGTCACCTTTCTGTTc < 2:178621/300‑1 (MQ=255) tGCCAGCGCTGGCTGTGCCGCCGGAGCGCAAACGCGATGGGGTTGTTTATCTGCCGTGCATTAAGCCGGAACCACGCCGCACTATTGGCCTGGTTTATCGTCCTGGCTCACCGCTGCGCAGCCGCTATGAGCAGCTGGCAGAGGCCATCCGCGCAAGAATGGATGGCCATTTCGATAAAGTTTTAAAACANGCGGTTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCCATCGTCGGGTAGTTAAAGGTGGTGTTGACGAAGTACTCAATAGTGTTGCCGTCACCTTTCTGTTcc > 1:591313/1‑300 (MQ=255) aacgcTTGCTTTGCCGCCGGAGCGCAGACGCGATTGGGTTGTTTATCTGCCGTGCATTAAGCCGGAACCACGCCACACTATTGGCCGGTTTTATCGTCCTGGCTCACCGCTGCGCAGCCGCTATGAGCAGCTGGCAGAGGCCATCCGCGCAAGAATGGATGGCCATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGGTTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCCATCGTCGGGTAGTTAAAGTTGGTGTTGACGAAGTACTCAATAGTGTTGCCGTCACCTTTCTGTTCCacaa < 2:490145/298‑4 (MQ=255) cgcTGGCTGTGCCGCCGGAGCGCAAACGCGATGGGGTTGTTTATCTGCCGTGCATTAAGCCGGAACCACGCCGCACTATTGGCCTGGTTTATCGTCCTGGCTCACCGCTGCGCAGCCGCTATGAGCAGCTGGCAGAGGCCATCCGCGCAAGAATGGATGGCCATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGGTTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCCATCGTCGGGTAGTTAAAGGTGGTGTTGACGAAGTACTCAATAGTGTTGCCGTCACCTTTCTGTTCCATAATc > 1:758970/1‑300 (MQ=255) 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gttTATCTGCCGTGCATTAAGCCGGAACCACGCCGCACTATTGGCCTGGTTTATCGTCCTGGCTCACCGCTGCGCAGCCGCTATGAGCAGCTGGCAGAGGCCATCCGCGCAAGAATGGATGGCCATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGGTTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCCATCGTCGGGTAGTTAAAGGTGGTGTTGACGAAGTACTCAATAGTGTTGCCGTCACCTTTCTGTTCCATAATCGCCTGACCGATATGAATAATTTCGGCAGCGCGCTCGcc > 1:272345/1‑300 (MQ=255) tCTGCCGTGCATTAAGCCGGAACCACGCCGCACTATTGGCCTGGTTTATCGTCCTGGCTCACCGCTGCGCAGCCGCTATGAGCAGCTGGCAGAGGCCATCCGCGCAAGAATGGATGGCCATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGTCGGTTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCCATCGTCGGGTAGTTAAAGGTGGTGTTGACGAAGTACTCAATAGTGTTGCCGTCACCTTTCTCTTCCATAATCGCCTGACCGATATGAATAATTTCGGCAGCGCGCTCGCCAAAGc < 2:619282/300‑1 (MQ=255) tCTGCCGTGCATTAAGCCGGAACCACGCCGCACTATTGGCCTGGTTTATCGTCCTGGCTCACCGCTGCGCAGCCGCTATGAGCAGCTGGCAGAGGCCATCCGCGCAAGAATGGATGGCCATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGGTTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCCATCGTCGGGTAGTTAAAGGTGGTGTTGACGAAGTACTCAATAGTGTTGCCGTCACCTTTCTGTTCCATAATCGCCTGACCGATATGAATAATTTCGGCAGCGCGCTCGCCAAAGc < 1:499421/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |