| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,360,043 | C→A | F282L (TTC→TTA) | gltD → | glutamate synthase subunit GltD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,360,043 | 0 | C | A | 98.8% | 278.2 / ‑6.6 | 80 | F282L (TTC→TTA) | gltD | glutamate synthase subunit GltD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (39/40); total (40/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGCTGACCTTCGGTATTCCGGCCTTCAAGCTGGAAAAAGAGGTAATGACGCGTCGCCGTGAAATCTTCACCGGCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTATCGTCGTGATGAAGAGAACATGCCGGGTTCCCGCCGCGAAGTGAAAAACGCGCGGGAAGAAGGCGTAGAGTTCAAATTCAACGTCCAGCCGCTGGGTATTGAAGTGAACGGTAACGGCAAAGTCAGCGGCGTAAAAATGGTGCGTACCGAAATGGGCGAACCGGACGCCAAAGGCCGTCGCCGCGCGG > NC_000913/3359747‑3360338 | ctgctgACCTTCGGTATTCCGGCCTTCAAGCTGGAAAAAGAGGTAATGACGCGTCGCCGTGAAATCTTCACCGGCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTc > 1:448878/1‑300 (MQ=255) gctgACCTTCGGTATTCCGGCCTTCAAGCTGGAAAAAGAGGTAATGACGCGTCGCCGTGAAATCTTCACCGGCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAg > 1:40522/1‑300 (MQ=255) aCCTTCGGTATTCCGGCCTTCAAGCTGGAAAAAGAGGTAATGACGCGTCGCCGTGAAATCTTCACCGGCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATg > 1:721648/1‑300 (MQ=255) gTATTCCGGCCTTCAAGCTGGAAAAAGAGGTAATGACGCGTCGCCGTGAAATCTTCACCGGCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCa > 1:6456/1‑300 (MQ=255) ggAAAAAGAGGTAATGACGCGTCGCCGTGAAATCTTCACAGGCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGAAGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCAGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCAGCGAGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGTTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAATGCGTggtggtatttgg > 2:326871/1‑294 (MQ=255) gAAAAAGAGGTAATGACGCTTCGCCGTGAAATCGTCACCGGCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGTACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGTCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGc < 2:321226/300‑1 (MQ=255) gAAAAAGAGGTAATGACGCGTCGCCGTGAAATCTTCACCGGCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGc < 1:117988/300‑1 (MQ=255) 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aaTCTTCACCGGCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACtgcgtgcg < 1:539039/300‑1 (MQ=255) cTTCACCGGCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTAc > 2:354950/1‑300 (MQ=255) ttCACCGGCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACg < 2:786473/300‑1 (MQ=255) ttCACCGGCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACg < 1:53805/300‑1 (MQ=255) cACCGGCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAATTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTc < 2:768679/300‑1 (MQ=255) cACCGGCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATNAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTc < 1:568867/300‑1 (MQ=255) cACCGGCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTc < 1:217268/300‑1 (MQ=255) ggCATGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGANGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACAAAANAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTCGTCCTTGGCGGTGGCGCAACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTg > 2:645146/1‑300 (MQ=255) tGGGT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGATGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGCTGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCACCACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCACACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACCGCGTGCGTACGTCCGTGCGcc > 2:123233/1‑300 (MQ=255) gT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAgg > 1:754420/1‑300 (MQ=255) gT‑ATTGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAgg > 2:462517/1‑300 (MQ=255) tGAATTCAAACTCAATACCGAAGTGGGCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGc < 1:798500/300‑1 (MQ=255) 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gggCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTAtcg > 1:472601/1‑300 (MQ=255) ggCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCGTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTAtcgt < 1:614211/300‑1 (MQ=255) gCCGCGACGTACAGCTGGACGATCTGCTGAGTGATTACGATGCCGTGTTCCTTGGCNTCGGGACTTATCAGTCAATGCGCGGCGGGCTGGAAAACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACNGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTAtcgtc > 2:741636/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |