| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,302,892 | G→A | W135* (TGG→TAG) | ubiV → | ubiquinone biosynthesis protein UbiV |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,302,892 | 0 | G | A | 98.9% | 318.3 / NA | 90 | W135* (TGG→TAG) | ubiV | ubiquinone biosynthesis protein UbiV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (36/53); minor base C (1/0); total (37/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCGGTATGCAGCAAGCGTCGGGCAACCAAAGTTGGCGACTGGCTGGAGATGGCAAAATCGCTCGCCGGGAGTGGTAAGCAGATTGTGCTCTCCACGCTGGCGCTGGTGCAGGCATCATCTGAACTGGGCGAACTGAAACGCTATGTTGAGAACGGTGAGTTTCTGATTGAAGCCAGCGATCTCGGCGTGGTGAATATGTGCGCTGAACGCAAACTGCCGTTCGTCGCCGGGCACGCGCTGAACTGCTACAACGCGGTGACACTGAAAATATTGCTCAAACAGGGCATGATGCGCTGGTGTATGCCAGTGGAGCTTTCCCGCGACTGGCTGGTGAATCTGCTTAATCAGTGCGATGAGCTGGGCATTCGTAACCAGTTTGAAGTGGAAGTCCTGAGCTACGGTCATCTGCCGCTGGCCTACTCCGCCCGCTGCTTTACCGCGCGTTCGGAAGACCGCCCGAAAGATGAGTGTGAAACCTGCTGCATTAAGTATCCGAACGGGCGCAACGTGCTGTCGCAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGA > NC_000913/3302596‑3303186 | aGCGGTATGCAGCAAGCGTCGGGCAACCAAAGTTGGCGACTGGCTGGAGATGGCAAAATCGCTCGCCGGGAGTGGTAAGCAGATTGTGCTCTCCACGCTGGCGCTGGTGCAGGCATCATCTGAACTGGGCGAACTGAAACGCTATGTTGAGAACGGTGAGTTTCTGATTGAAGCCAGCGATCTCGGCGTGGTGAATATGTGCGCTGAACGCAAACTGCCGTTCGTCGCCGGGCACGCGCTGAACTGCTACAACGCGGTGACACTGAAAATATTGCTCAAACAGGGCATGATGCGCTAgtg < 1:641035/300‑1 (MQ=255) gTATGCAGCAAGCGTCGGGCAACCAAAGTTGGCGACTGGCTGGAGATGGCAAAATCGCTCGCCGGGAGTGGTAAGCAGATTGTGCTCTCCACGCTGGCGCTGGTGCAGGCATCATCTGAACTGGGCGAACTGAAACGCTATGTTGAGAACGGTGAGTTTCTGATTGAAGCCAGCGATCTCGGCGTGGTGAATATGTGCGCTGAACGCAAACTGCCGTTCGTCGCCGGGCACGCGCTGAACTGCTACAACGCGGTGACACTGAAAATATTGCTCAAACAGGGCATGATGCGCTAGTGTATg > 1:34659/1‑300 (MQ=255) gTATGCAGCAAGCGTCGGGCAACCAAAGTTGGCGACTGGCTGGAGATGGCAAAATCGCTCGCCGGGAGTGGTAAGCAGATTGTGCTCTCCACGCTGGCGCTGGTGCAGGCATCATCTGAACTGGGCGAACTGAAACGCTATGTTGAGAACGGTGAGTTTCTGATTGAAGCCAGCGATCTCGGCGTGGTGAATATGTGCGCTGAACGCAAACTGCCGTCCGTCGCCGGGCACGCGCTGAACTGCTACAACGCGGTGACACTGAAAATATTGCTCAAACAGGGCATGATGCGCTAGTGTATg > 2:489564/1‑300 (MQ=255) tATGCAGCAAGCGTCGGGCAACCAAAGTTGGCGACTGGCTGGAGATGGCAAAATCGCTCGCCGGGAGTGGTAAGCAGATTGTGCTCTCCACGCTGGCGCTGGTGCAGGCATCATCTGAACTGGGCGAACTGAAACGCTATGTTGAGAACGGTGAGTTTCTGATTGAAGCCAGCGATCTCGGCGTGGTGAATATGTGCGCTGAACGCAAACTGCCGTTCGTCGCCGGGCACGCGCTGAACTGCTACAACGCGGTGACACTGAAAATATTGCTCAAACAGGGCATGATGCGCTAGTGTATGc < 1:61189/300‑1 (MQ=255) aTGCAGCAAGCGTCGGGCAACCAAAGTTGGCGACTGGCTGGAGATGGCAAAATCGCTCGCCGGGAGTGGTAAGCAGATTGTGCTCTCCACGCTGGCGCTGGTGCAGGCATCATCTGAACTGGGCGAACTGAAACGCTATGTTGAGAACGGTGAGTTTCTGATTGAAGCCAGCGATCTCGGCGTGGTGAATATGTGCGCTGAACGCAAACTGCCGTTCGTCGCCGGGCACGCGCTGAACTGCTACAACGCGGTGACACTGAAAATATTGCTCAAACAGGGCATGATGCGCTAGTGTATGcc < 2:401141/300‑1 (MQ=255) aTGCAGCAAGCGTCGGGCAACCAAAGTTGGCGACTGGCTGGAGATGGCAAAATCGCTCGCCGGGAGTGGTAAGCAGATTGTGCTCTCCACGCTGGCGCTGGTGCAGGCATCATCTGAACTGGGCGAACTGAAACGCTATGTTGAGAACGGTGAGTTTCTGATTGAAGCCAGCGATCTCGGCGTGGTGAATATGTGCGCTGAACGCAAACTGCCGTTCGTCGCCGGGCACGCGCTGAACTGCTACAACGCGGTGACACTGAAAATATTGCTCAAACAGGGCATGATGCGCTAGTGTATGcc < 1:69437/300‑1 (MQ=255) aTGCAGCAAGCGTCGGGCAACCAAAGTTGGCGACTGGCGGGAGATGGCAAAATCGCTCGCCGGGAGTGGTAAGCAGATGGTGCTCTCCACGCGGGCGCTGGTACAGGCATCATCTGAACTGGGCGAACTGAAACGCTATGTTGAGAACGGTGAGTTTCTGATTGAAGCCAGCGATCTCGGCGTGGTGAATATGTGCGCTGAACGCAAACTGCCGTTCGTCGCCGGGCACGCGCTGAACTGCTACAACGCGGTGACACTGAAAATATTGCTCAAACAGGGCATGATGCGCTAGTGTATGcc < 2:26475/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |