| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,284,395 | G→C | R7P (CGC→CCC) | lapC → | lipopolysaccharide signal transducer LapC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 2,284,395 | 0 | G | C | 99.0% | 390.3 / NA | 104 | R7P (CGC→CCC) | lapC | lipopolysaccharide signal transducer LapC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (57/46); minor base A (1/0); total (58/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGTACTGGAAAAACATAAGGCTCCGACCGACCTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTCGCTCGTCATTGGCAGCCGTTACCTGTTTATCGCCGACTGGCCGACAACGCTTGCTGGTCGCATTTATTCCTACGTAAGCATTATCGGCCATTTCAGCTTCCTGGTGTTCGCCACCTACTTGCTGATCCTCTTCCCGCTGACCTTTATCGTCGGCTCCCAGAGGCTGATGAGGTTTTTGTCCGTCATTCTGGCAACGGCGGGAATGACGCTATTACTGATCGATAGC > NC_000913/2284100‑2284690 | cccTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGTACTGGAAAAACATAAGGCTCCGACCGACCTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCCCTAc < 1:798259/300‑1 (MQ=255) 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tAACTCATCGTCAGCCCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTCGCTCGTCATTGGCAGCCGTTACCTGTTTATCGCCGACTGGCCGACAACGCTTGCTGGTCGCATTTATTCCTACGTAAGCATTATCGGCCATTTCAGCTTCCTGGTGTTCGCCACCTACTTGCTGATCCTCTTCCCGCTGACCTTTATCGTCGGCTCCCAGAGGCTGATGAGGTTTTTGTCCGTCATTCTGGCAACGGCGGGAATGACGCTATTAc < 1:142559/300‑1 (MQ=255) tAACTCATCGTCAGCCCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTCGCTCGTCATTGGCAGCCGTTACCTGTTTATCGCCGACTGGCCGACAACGCTTGCTGGTCGCATTTATTCCTACGTAAGCATTATCGGCCATTTCAGCTTCCTGGTGTTCGCCACCTACTTGCTGATCCTCTTCCCGCTGACCTTTATCGTCGGCTCCCAGAGGCTGATGAGGTTTTTGTCCGTCATTCTGGCAACGGCGGGAATGACGCTATTAc < 2:221646/300‑1 (MQ=255) cTCATCGTCAGCCCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTCGCTCGTCATTGGCAGCCGTTACCTGTTTATCGCCGACTGGCCGACAACGCTTGCTGGTCGCATTTATTCCTACGTAAGCATTATCGGCCATTTCAGCTTCCTGGTGTTCGCCACCTACTTGCTGATCCTCTTCCCGCTGACCTTTATCGTCGGCTCCCAGAGGCTGATGAGGTTTTTGTCCGTCATTCTGGCAACGGCGGGAATGACGCTATTACTGa > 1:277089/1‑300 (MQ=255) tCATCGTCAGCCCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTCGCTCGTCATTGGCAGCCGTTACCTGTTTATCGCCGACTGGCCGACAACGCTTGCTGGTCGCATTTATTCCTACGTAAGCATTATCGGCCATTTCNGCTTCCTGGTGTTCGCCACCTACTTGCTGATCCTCTTCCCGCTGACCTTTATCGTCGGCTCCCAGAGGCTGATGAGGTTTTTGTCCGTCATTNTGGCAACGGCGGGAATGACGCTATTACTGAt < 2:576463/300‑1 (MQ=255) tCGTCAGCCCTACCGTGAAGAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTCGCTCGTCATTGGCAGCCGTTACCTGTTTATCGCCGACTGGCCGACAACGCTTGCTGGTCGCATTTATTCCTACGTAAGCATTATCGGCCATTTCAGCTTCCTGGTGTTCGCCAACTACTTGCTGATCCTCTTCCCGCTGACCTTTATCGTCGGCTCCCAGAGGCTGATGAGGTTTTTGTCCGTCATTCTGGCAACGGCGGGAATGACGCTATTACTGAttga > 2:255364/1‑297 (MQ=255) cAGCCCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTCGCTCGTCATTGGCAGCCGTTACCTGTTTATCGCCGACTGGCCGACAACGCTTGCTGGTCGCATTTATTCCTACGTAAGCATTATCGGCCATTTCAGCTTCCTGGTGTTCGCCACCTACTTGCTGATCCTCTTCCCGCTGACCTTTATCGTCGTCTCACAGGGGCTGATGAGGTTTTTGTCCGTCCTTCTGGCAACGGCGGGAATGACGCTATTACTGATCGATAgt > 2:422804/1‑299 (MQ=255) | CCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGTACTGGAAAAACATAAGGCTCCGACCGACCTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTCGCTCGTCATTGGCAGCCGTTACCTGTTTATCGCCGACTGGCCGACAACGCTTGCTGGTCGCATTTATTCCTACGTAAGCATTATCGGCCATTTCAGCTTCCTGGTGTTCGCCACCTACTTGCTGATCCTCTTCCCGCTGACCTTTATCGTCGGCTCCCAGAGGCTGATGAGGTTTTTGTCCGTCATTCTGGCAACGGCGGGAATGACGCTATTACTGATCGATAGC > NC_000913/2284100‑2284690 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |