Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 314,109 | G→A | intergenic (‑867/‑1182) | ykgR ← / → insE1 | putative membrane protein YkgR/IS3 element protein InsE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 314,109 | 0 | G | A | 99.4% | 545.0 / NA | 154 | intergenic (‑867/‑1182) | ykgR/insE1 | putative membrane protein YkgR/IS3 element protein InsE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (84/69); minor base C (1/0); total (85/69) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
GTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCATAAAAAATATATTGGTTTATCCTGGCATATATACCTATTTCGACGTATTTCCAATAGTTTTAATTAAAGGCAGGTCATTGTTATTCACTCTGAATAGTGAATTATTCACTGTCCGCAGAGTAAGAAATATAACTTAGGTATCTATTTAATGACTTGCACAAAAAGCTAAATTTTCCCCCATAAATAAAAATATAATCCCGCGCCCAACCACCTGATGAGTGGCTATAGGCACTGGATATATTAGGTGGCGGTGCACTTTCTTACATAAAGGTATTTCCTTTTCTGCGGAAAAGGAAATCGGGAAATCCCCGGTTTTTCTGACAAGCAGACGCCATTATTTGTGTCTGCCTATGTTCGTTAATTCGTTCATCAGGAAATTATCTCAATGTCACATTATAAAACAGGTCATAAACAACCACGATTTCGTTATTC > NC_000913/313813‑314403 | gagaAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCATAAAAAATATATTGGTTTATCCTGGCATATATACCTATTTCGACGTATTTCCAATAGTTTTAATTAAAGGCAGGTCATTGTTATTCACTCTGAATAGTGAATTATTCACTGTCCGCAGAGTAAGAAATATAACTTAGATATCTAttt > 1:123656/1‑300 (MQ=255) 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GTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCATAAAAAATATATTGGTTTATCCTGGCATATATACCTATTTCGACGTATTTCCAATAGTTTTAATTAAAGGCAGGTCATTGTTATTCACTCTGAATAGTGAATTATTCACTGTCCGCAGAGTAAGAAATATAACTTAGGTATCTATTTAATGACTTGCACAAAAAGCTAAATTTTCCCCCATAAATAAAAATATAATCCCGCGCCCAACCACCTGATGAGTGGCTATAGGCACTGGATATATTAGGTGGCGGTGCACTTTCTTACATAAAGGTATTTCCTTTTCTGCGGAAAAGGAAATCGGGAAATCCCCGGTTTTTCTGACAAGCAGACGCCATTATTTGTGTCTGCCTATGTTCGTTAATTCGTTCATCAGGAAATTATCTCAATGTCACATTATAAAACAGGTCATAAACAACCACGATTTCGTTATTC > NC_000913/313813‑314403 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |