| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,799,800 | 0 | G | T | 57.9% | 48.3 / 168.9 | 121 | P65P (CCC→CCA) | ygaC | DUF2002 domain‑containing protein YgaC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/26); new base T (35/35); total (60/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TCAGTTCAAACATCGTTGTTTCGATGTTGATGGGGGCGGTTTATGGCTACTTCCTCGATTATTGCCGCCGACTGTTTAAAGTCAGCCGTTACCAGCAGGTAAAAGCCTGACTCTTCTTTTCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACATAGACATAATTTTCCCCACGGCGGTAACCATACGCTTTCTGGGTTACCACATCGACAGTAAAACCGACTTTTTCAAGTACGCGCGCCACCTCGTCTGGTCGTAAATACATATTTGATCCTCGTTATTATCAACCGCGGGCCTACCTTACCTGATTGCGCATTCACAACGCTTTCAGAAAAGTCCATAAAGCCGCGATGAACCTCAGTTA > NC_000913/2799504‑2800093 | aGTTCAAACATCGTTGTTTCGATGTTGATGGGGGCGGTTTATGGCTACTTCCTCGATTATTGCCGCCGACTGTTTAAAGTCAGCCGTTACCAGCAGGTAAAAGCCTGACTCTTCTTTTCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCTGGTTc < 1:810312/300‑1 (MQ=255) 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TCAGTTCAAACATCGTTGTTTCGATGTTGATGGGGGCGGTTTATGGCTACTTCCTCGATTATTGCCGCCGACTGTTTAAAGTCAGCCGTTACCAGCAGGTAAAAGCCTGACTCTTCTTTTCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACATAGACATAATTTTCCCCACGGCGGTAACCATACGCTTTCTGGGTTACCACATCGACAGTAAAACCGACTTTTTCAAGTACGCGCGCCACCTCGTCTGGTCGTAAATACATATTTGATCCTCGTTATTATCAACCGCGGGCCTACCTTACCTGATTGCGCATTCACAACGCTTTCAGAAAAGTCCATAAAGCCGCGATGAACCTCAGTTA > NC_000913/2799504‑2800093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |