| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,362,328 | Δ3,228 bp | IS5‑mediated | [yhcA]–[yhcE] | [yhcA], yhcD, [yhcE] |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3362328 | 3366525–3365553 | 3226–4198 | 161 [0] | [33] 35 | [yhcA]–[insH10] | [yhcA],yhcD,yhcE,[insH10] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2288919 = | NA (NA) | 161 (1.540) | 97/598 | 0.0 | 100% | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 3362327 | 0 (0.000) | coding (216/675 nt) | yhcA | putative fimbrial chaperone YhcA | |||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
AATCTCATCGCAAACAGTGCATAACATATATTAACAATATGTTTCTGCGTTATTTATCATTATTACAGGAGTTTTAATTTAAATGCTCAGACACATTACATTCACTGTATTTATAACAACATCAATGAATACCTTAGCCACAGGGATGGTTCCTGAAACATCAGTATTGCTGGTTGATGAAAAGCGTGGTGAAGCTAGTATTAATATTAAGAATACAGATGATCATCCTTCATTGCTTTACACCACCATTGTTGATTTGCCTGAAAGCAATAAATCAATTCGTTTAATCCCGACTCAGCCCGTTATTCGTGTTGAAGCCGGTCAAGTACAACAGGTTCGATTTTTACTTCAGGCGACTGTTCCTCTGCAATCAGAAGAGCTGAAACGCGTAACGTTCGAAGGTATTCCACCAAAAGATGACAAGAGCAGCAGAGTTACTGTTTCAATTCGTCAGGATCTACCTGTACTGATCCACCCGGCTTCCCTGCCGGAAGAGCGAGAGACCTGGAAATTCCTGGAATGGCGTAAAAATGGCGACCAAATTGAGATTAGCAACCCCAGTAATTATGTCGTTCGTATGACCTTACAATTTAAA > NC_000913/3362030‑3362624 | aaTCTCATCGCAAACAGTGCATAACATATATTAACAATATGTTTCTGCGTTATTTATCATTATTACAGGAGTTTTAATTTAAATGCTCAGACACATTACATTCACTGTATTTATAACAACATCAATGAATACCTTAGCCACATGGATGGTTCCTGAAACATCAGTATTGCTGGTTGATGAAAAGCGTGGTGAAGCTAGTATTAATATTAAGAATACAGATGATCATCCTTCATTGCTTTACACCACCATTGTTGATTTGCCTGAAAGCAATAAATCAATTCGTTTAATCCCGACTCAGgg > 1:253730‑M2/1‑298 (MQ=255) 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attaCAGGAGTTTTAATTTAAATGCTCAGACACATTACATTCACTGTATTTATAACAACATCAATGAATACCTTAGCCACATGGATGGTTCCTGAAACATCAGTATTGCTGGTTGATGAAAAGCGTGGTGAAGCTAGTATTAATATTAAGAATACAGATGATCATCCTTCATTGCTTTACACCACCATTGTTGATTTGCCTGAAAGCAATAAATCAATTCGTTTAATCCCGACTCAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtt > 2:360938‑M2/1‑237 (MQ=255) gTTTTAATTTAAATGCTCAGACACATTACATTCACTGTATTTATAACAACATCAATGAATACCTTAGCCACAGGGATGGTTCCTGAAACATCAGTATTGCTGGTTGATGAAAAGCGTGGTGAAGCTAGTATTAATATTAAGAATACAGATGATCATCCTTCATTGCTTTACACCACCATTGTTGATTTGCCTGAAAGCAATAAATCAATTCGTTTAATCCCGACTCAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgagccgat < 2:736107‑M2/300‑73 (MQ=255) gCTCAGACACATTACATTCACTGTATTTATAACAACATCAATGAATACCTTAGCCACAGGGATGGTTCCTGAAACATCAGTATTGCTGGTTGATGAAAAGCGTGGTGAAGCTAGTATTAATATTAAGAATACAGATGATCATCCTTCATTGCTTTACACCACCATTGTTGATTTGCCTGAAAGCAATAAATCAATTCGTTTAATCCCGACTCAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgagccgattttttctaccgtaa < 2:457236‑M2/300‑87 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |