| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,599,947 | G→T | L14F (TTG→TTT) | gcvR → | putative transcriptional regulator GcvR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,599,947 | 0 | G | T | 99.0% | 357.2 / NA | 102 | L14F (TTG→TTT) | gcvR | putative transcriptional regulator GcvR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (31/70); total (31/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
AGTACCGCTGGCGACATGATAATCAATCAGTTTTTTCAAGCTAGCCCGACAGACATTACCTTTTTCATCCATCGGAGTAACAATCGCGACAATACTTCCCGTGAACATGGGCCATCCTCTGTGCAAACAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTGGCGATGCTGGGAGAAGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGCCGAACTGGATCTTTTAATCGTGATGAAGCGCACGACGGCGCGTCCGCGTCCGCCAATGCCAGCATCTGTCTGGGTTCAGGTCGATGTGGCAGACTCCCCGCATTTAATTGAACGCTTC > NC_000913/2599653‑2600241 | aGTACCGCTGGCTACATGAGAATCAATCAGTTTTTTCAGACTAGCCCGACAAACACTACCTTTTTCATCCATCGGAGTAACAATCGCGACAATACTTCCCGTGAACATGTGCCATCCTCTGTGCAAACAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGc < 2:282623/300‑1 (MQ=255)aGTACCGCTGGCGACATGATAATCAATCAGTTTTTTCAAGCTAGCCCGACAGACATTACCTTTTTCATCCATCGGAGTAACAATCGCGACAATACTTCCCGTGAACATGGGCCATCCTCTGTGCAAACAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGc < 1:183198/300‑1 (MQ=255) aTGATAATCAATCAGTTTTTTCAAGCTAGCCCGACAGACATTACCTTTTTCATCCATCGGAGTAACAATCGCGACAATACTTCCCGTGAACATGGGCCATCCTCTGTGCAAACAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAAt < 1:393265/300‑1 (MQ=255) aatcaatcAGTTTTTTCAAGCTAGCCCGACAGACATTACCTTTTTCATCCATCGGAGTAACAATCGCGACAATACTTCCCGTGAACATGGGCCATCCTCTGTGCAAACAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGa < 1:469053/300‑1 (MQ=255) 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ggTGATCACTGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCAACCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTGGCGATGCTGGGAGAAGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGCCGAACTGGATCTTTTAATCGTGATGAAGCGCACGACGGCGCGTCCGCGTCCGCCAATGCCAGCATCTGTCTGGGTTCAGGTCGATGTGGCAGACTCCCCGCATTTAAt > 2:272940/1‑300 (MQ=255) tcaatGCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTGGCGATGCTGGGAGAAGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGCCGAACTGGATCTTTTAATCGTGATGAAGCGCACGACGGCGCGTCCGCGTCCGCCAATGCCAGCATCTGTCTGGGTTCAGGTCGATGTGGCAGACTCCCCGCATTTAATTGAAc < 1:203665/296‑1 (MQ=255) gCGTTTGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTGGCGATGCTGGGAGAAGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGCCGAACTGGATCTTTTAATCGTGATGAAGCGCACGACGGCGCGTCCGCGTCCGCCAATGCCAGCATCTGTCTGGGTTCAGGTCGATGTGGCAGACTCCCCGCATTTAATTGAACGCTTc < 2:558484/300‑1 (MQ=255) | AGTACCGCTGGCGACATGATAATCAATCAGTTTTTTCAAGCTAGCCCGACAGACATTACCTTTTTCATCCATCGGAGTAACAATCGCGACAATACTTCCCGTGAACATGGGCCATCCTCTGTGCAAACAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTGGCGATGCTGGGAGAAGAGTTCACGTTTATTATGCTGCTTTCCGGTTCATGGAATGCCATTACTCTGATTGAATCAACGTTACCGTTGAAAGGTGCCGAACTGGATCTTTTAATCGTGATGAAGCGCACGACGGCGCGTCCGCGTCCGCCAATGCCAGCATCTGTCTGGGTTCAGGTCGATGTGGCAGACTCCCCGCATTTAATTGAACGCTTC > NC_000913/2599653‑2600241 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |