| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,044,642 | T→C | intergenic (+18/‑296) | asnT → / → yeeJ | tRNA‑Asn/inverse autotransporter adhesin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,044,642 | 0 | T | C | 99.0% | 362.3 / NA | 95 | intergenic (+18/‑296) | asnT/yeeJ | tRNA‑Asn/inverse autotransporter adhesin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (46/48); total (47/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCACGCTAATGATACAGACTCGTTTTCGGCGACGAATGTTCATTAATTAACAACTTTGCAGATTAATTAACCAATTGAAATGACTTATGAAATTTAGTGTTGACAGACAAGGTACCGCTAAGTAATATTCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATATTGCTATCAGTATTTACATTTTTTCGCTGTGCTAGAAAGGGCGCATTTATGTTAGCTCGTTCAGGGAAGG > NC_000913/2044348‑2044932 | cATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCACGCTAATGATACAGACTCGTTTTCGGCGACGAATGTTCATTAATTAACAACTTTGCAGATTAATTAACCAATTGAAATGACTTATGAAATTTAGTGTTGACAGACAAGGTACCGCTAAGTAATATTCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTCTTTTa > 2:561542/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |