| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 2,117,652 | 0 | G | T | 34.7% | 100.3 / 11.7 | 72 | L251L (CTC→CTA) | wcaK | colanic acid biosynthesis pyruvyl transferase WcaK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/24); new base T (1/24); total (24/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGAGATAATGGCAGAGTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGCAGGTTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCAATGCCCGTACAGGTGGAGAGCGCAATCACCTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGTGCCGAGACGTTTGTCAAACGGTGCCAGTTCGCGCAGGGTAATGGCCACCGTTTTCTGTTGTGCGGCAACGTCCAGCCAGTGTTGAACGGCATAGCTGGCGGTGAAGTCTTCTGTGTGGTGATCGACCAGCCACGCGGTATCGACGCCATGTTCCACTTTTGCGGTGGTGATATTGCTGCGTTTCATCAGATCAAAGCTGACCGATTCGCGCAGGATCAGCGCGTCGCAGTGACCAAAAACGTAGTTCGCCAGTTGGTTAAATTGCTCATCCTGGAACGGGCCAACACTGTGACCAATC > NC_000913/2117379‑2117946 | gcgagatgtgtataagagacagcgcGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGCAGGTTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCAATGCCCGTACAGGTGGAGAGCGCAATCACCTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGTGCCGAGACGTTTGTCAAACGGTGCAAGTTc > 1:580063/22‑300 (MQ=255) ataagttcAGAGTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGCAGGTTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCAATGCCCGTACAGGTGGAGAGCGCAATCACCTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGTGCCTAGACGTTTGTCAAACGGTGCCAGTTCgcgc < 2:3146/293‑1 (MQ=255) aTAATGGCAGAGTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGGCAGGATNGCTGATGTGCTGGCGCAGGTTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCAATGCCCGTACAGGTGGAGAGCGCAATCACCTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGTGCCGAGACGTTTGTCAAACGGTGCCAGTTCgcgc < 1:540681/300‑1 (MQ=255) agTGCAGGCGCGTACCGACTGTGAGTTCACATGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTGGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGTCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGCAGGTTGAGCGCCACCATGCGTTCGTCTTTGTTNTAGCTGGCAATGCCCGTACAGGTTGANAGCGCAATCACCTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGTGCCTAGACGTTTGTCAAACGGTGCCAGTTCGCGCAGGGTAATgg < 2:498918/300‑1 (MQ=255) agTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACATGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGCAGGTTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCAATGCCCGTACAGGTGGAGAGCGCAATCACCTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGTGCCTAGACGTTTGTCAAACGGTGCCAGTTCGCGCAGGGTAATgg < 1:166333/300‑1 (MQ=255) agTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGCAGGTTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCAATGCCCGTACAGGTGGAGAGCGCAATCACCTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGTGCCTAGACGTTTGTCAAACGGTGCCAGTTCGCGCAGGGTAATgg < 2:271828/300‑1 (MQ=255) agTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGGTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGCAGGTTGAGCGCCACCANGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCAATGCCCGTACAGGTGGAGAGCGCAATCACCTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCTGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGTGCCTAGACGTTTGTCAAACGGTGCCAGTTCGCGCAGGGTAATgg < 2:186185/300‑1 (MQ=255) agTGCAGGCGCGTACCGACGGGGAGTTCACAAGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCTTTGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATATGCTGGCACAGGTTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCAATGCCCGTACAGGTGGAGAGCGCAATCACCTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAATGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGTGCCTAGACGTTTGTCAAACGGTGCCAGTTCGCGCAGGGTAATgg < 2:64951/300‑1 (MQ=255) gTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTTATGTGCTGGCGCAGGTTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCAATGCCCGTACAGGTGGAGAGCGCAATCACCTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGTGCCGAGACGTTTGTCAAACGGTGCCAGTTCGCGCAGGGTAATGGc > 1:114091/1‑300 (MQ=255) gTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGCAGGTTGAGCNCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCAATGCCCGTACAGGTGGAGAGCGCAATCACNTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGTGCCGAGACGTTTGTCAAACGGTGCCAGTTCGCGCAGGGTAATGGc > 2:594680/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |