| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,488,217 | G→A | L300L (CTG→CTA) | lptG → | lipopolysaccharide transport system protein LptG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,488,217 | 0 | G | A | 98.8% | 278.5 / NA | 83 | L300L (CTG→CTA) | lptG | lipopolysaccharide transport system protein LptG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (45/37); minor base C (1/0); total (46/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAGTCTGGCGTCTGTCGCAGGTTGATGAATCTGATCTGACCAATCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGCTGATGGCGCTGTCGTTCATCTTTGGCCCACTGCGTAGCGTACCGATGGGCGTGCGTGTGGTCACCGGTATCAGTTTCGGTTTTGTCTTCTACGTACTGGACCAGATCTTCGGCCCGCTGACGTTGGTTTATGGCATCCCGCCGATCATCGGCGCACTGTTGCCAAGCGCCAGCTTCTTCTTAATCAGCCTGTGGCTGTTAATGAGAAAATCGTAACCGAATGAACGAATAAAGGGAGCGAAAGCTCCCTTTATTATTGTTAGCAAAGTGTGCTTCGTTCATTCCTGAAAAATAATTAAAATTCAATATATTGCAGTGGGGTGGGCA > NC_000913/4487921‑4488511 | aaaGTCTGTCGTCTGTCACAGGTTGATGAATCTGATCTGACCAATCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGCTGATGGCGCTGTCGTTCATCTTTGGCCCACTacgt < 2:236282/300‑1 (MQ=255)aaaGTCTGGCGTCTGTCGCAGGTTGATGAATCTGATCTGACCAATCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTAGGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGCTGATGGCGCTGTCGTTCATCTTTGGCCCACTacgt < 1:372165/300‑1 (MQ=255) aGTCTGGCGTCTGTTGCAGGTTGATGAATCTGATCTGACCAATCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGGGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGTTGATGATGCTGATGGCGCTGTCGTTCATCTTTGGCCCACTacgtag < 2:260854/300‑1 (MQ=255) gtctgtcgtctgtcGCAGGTTGATGAATCTGATCTGACCAATCCGAAACAGATTACCGTTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATTTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGCTGATGGCGCTGTCGTTCATCTTTGGCCCACTacgtagc < 2:219767/300‑1 (MQ=255) gTCTGGCGTCTGTCGCAGGTTGATGAATCTGATCTGACCAATCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGCTGATGGCGCTGTCGTTCATCTTTGGCCCACTacgtagc < 1:689254/300‑1 (MQ=255) gTCTGGCGTCTGTCGCAGGTTGATGAATCTGATCTGACCAATCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGCTGATGGCGCTGTCGTTCATCTTTGGCCCACTacgtagc < 2:518893/300‑1 (MQ=255) gTCTGGCGGCTGTCGCAGGTTGAGGAATTTGATTTGACCAATCCGAAATAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCCCACGCCGGACGAACTGGGCTTGTTGGCGCTGGACCCGGATAAACTCTATATCAGCGGTTTGCACAACGATTTGAAGGATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATTTCGGACGTGGTCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCGGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGCTGATGGCGCTGTCGTTCATCTTTGGCCCACTacgtagc < 2:121456/300‑1 (MQ=255) 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