| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,902,025 | G→A | R66C (CGT→TGT) | bglH ← | carbohydrate‑specific outer membrane porin, cryptic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,902,025 | 0 | G | A | 99.3% | 502.4 / NA | 143 | R66C (CGT→TGT) | bglH | carbohydrate‑specific outer membrane porin, cryptic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (80/62); minor base C (1/0); total (81/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
AAATCAAACCAGCCGGAGTATTCGTTACCAAAGCGGCCCAGAGAACCAATCGCCCATGATTTAGGTGAACCATGAGAGGCGGTCCCCCAACCAGAACGGTAATAGCCGTTGTAACTAAAGCCAATTTCATCTTTCACAAATTTACTGAAATCTTTCAGAGTCATGGAAGAATAAATCGAGCCTGTCTCACTGGCATTTTTCTCTTCATTTTTGACCAGTACAGCATCAGGTTTTGCGGCACTACTGGTCGGGAACGGATTGGCGGCATACCCTTGATCATTCGTACTTACGCTACGATTCACCGTCGCTGGCGTATACTTTTTCTTCTCTTCATCTTTATACTTTTTGAGTTCGCTTTGCGTTTCTCTTAACGCCTTTTCTAATAACTCAAGGCGTTGTTCCACCGTTAATGATTCAGCCAATGATTGTGCAGAAAAGGCTAACGGTGCCATTAATAAGATGGCAGAGGTAATAAGATTTCGTCTAAACATAATATCCCTTTATGGTGCAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATG > NC_000913/3901730‑3902320 | aaaTCAAACCAGCCGGAGTATTCGTTACCAAAGCGGCCCAGAGAACCAATCGCCCATGATTTAGGTGAACCATGAGAGGCGGTCCCCCAACCAGAACGGTAATAGCCGTTGTAACTAAAGCCAATTTCATCTTTCACAAATTTACTGAAATCTTTCAGAGTCATGGAAGAATAAATCGAGCCTGTCTCACTGGCATTTTTCTCTTCATTTTTGACCAGTACAGCATCAGGTTTTGCGGCACTACTGGTCGGGAACGGATTGGCGGCATACCCTTGATCATTCGTACTTACGCTACAATTc < 1:549619/300‑1 (MQ=255) 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cATTCGTACTTACGCTACAATTCACCGTCGCTGGCGTATACTTTTTCTTCTCTTCATCTTTATACTTTTTGAGTTCGCTTTGCGTTTCTCTTAACGCCTTTTCTAATAACTCAAGGCGTTGTTCCACCGTTAATGATTCAGCCAATGATTGTGCAGAAAAGGCTAACGGTGCCATTAATAAGATGGCAGAGGTAATAAGATTTCGTCTAAACATAATATCCCTTTATGGTGCAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGt > 1:1335/1‑300 (MQ=255) aTTCGTACTTACGCTACAATTCACCGTCGCTGGCGTATACTTTTTCTTCTCTTCATCTTTATACTTTTTGAGTTCGCTTTGCGTTTCTCTTAACGCCTTTTCTAATAACTCAAGGCGTTGTTCCACCGTTAATGATTCAGCCAATGATTGTGCAGAAAAGGCTAACGGTGCCATTAATAAGATGGCAGAGGTAATAAGATTTCGTCTAAACATAATATCCCTTTATGGTGCAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTACTTTAATGGtt > 1:265767/1‑300 (MQ=255) ttCGTACTTACGCTACAATTCACCGTCGCTGGCGTATACTTTTTCTTCTCTTCATCTTTATACTTTTTGAGTTCGCTTTGCGTTTCTCTTAACGCCTTTTCTAATAACTCAAGGCGTTGTTCCACCGTTAATGATTCAGCCAATGATTGTGCAGAAAAGGCTAACGGTGCCATTAATAAGATGGCAGAGGTAATAAGATTTCGTCTAAACATAATATCCCTTTATGGTGCAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGAAGATAATTAAGGTGCTTTAGTGGTTa > 2:486043/1‑300 (MQ=255) | AAATCAAACCAGCCGGAGTATTCGTTACCAAAGCGGCCCAGAGAACCAATCGCCCATGATTTAGGTGAACCATGAGAGGCGGTCCCCCAACCAGAACGGTAATAGCCGTTGTAACTAAAGCCAATTTCATCTTTCACAAATTTACTGAAATCTTTCAGAGTCATGGAAGAATAAATCGAGCCTGTCTCACTGGCATTTTTCTCTTCATTTTTGACCAGTACAGCATCAGGTTTTGCGGCACTACTGGTCGGGAACGGATTGGCGGCATACCCTTGATCATTCGTACTTACGCTACGATTCACCGTCGCTGGCGTATACTTTTTCTTCTCTTCATCTTTATACTTTTTGAGTTCGCTTTGCGTTTCTCTTAACGCCTTTTCTAATAACTCAAGGCGTTGTTCCACCGTTAATGATTCAGCCAATGATTGTGCAGAAAAGGCTAACGGTGCCATTAATAAGATGGCAGAGGTAATAAGATTTCGTCTAAACATAATATCCCTTTATGGTGCAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATG > NC_000913/3901730‑3902320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |