| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 85,520 | C→T | intergenic (‑9/‑110) | yabR ← / → ilvI | protein YabR/acetolactate synthase/acetohydroxybutanoate synthase, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 85,520 | 0 | C | T | 99.3% | 504.0 / NA | 149 | intergenic (‑9/‑110) | yabR/ilvI | protein YabR/acetolactate synthase/acetohydroxybutanoate synthase, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (61/87); total (62/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
CCTGTTATCTCTCCTGGCATGAAGCTGCCGGGCGCGATAAAGGCCATCAGTGGATGGAAGAGCAATTAGTCTCAATTTGCAAACGCTAACTGATTGCAGAATAGGTCAGACATGAATGTCTGGTTTATTCTGCATTTTTTATTGAATGTAGAATTTTATTCTGAATGTGTGGGCTCTCTATTTTAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTCTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGTTTTACACATTTTTTCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGTATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCG > NC_000913/85224‑85815 | cTGTTATCTCTCCTGGCATGAAGCTGCCGGGCGCGATAAAGGCCATCAGTGGATGGAAGAGCAATTAGTCTCAATTTGCAAACGCTAACTGATTGCAGAATAGGTCAGACATGAATGTCTGGTTTATTCTGCATTTTTTATTGAATGTAGAATTTTATTCTGAATGTGTGGGCTCTCTATTTTAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCTTGtt > 1:114877/1‑300 (MQ=255) 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CCTGTTATCTCTCCTGGCATGAAGCTGCCGGGCGCGATAAAGGCCATCAGTGGATGGAAGAGCAATTAGTCTCAATTTGCAAACGCTAACTGATTGCAGAATAGGTCAGACATGAATGTCTGGTTTATTCTGCATTTTTTATTGAATGTAGAATTTTATTCTGAATGTGTGGGCTCTCTATTTTAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTCTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGTTTTACACATTTTTTCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGTATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCG > NC_000913/85224‑85815 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |