| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,776,715 | A→T | S377C (AGT→TGT) | ydiF → | putative acetate‑CoA transferase YdiF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,776,715 | 0 | A | T | 99.2% | 408.7 / NA | 119 | S377C (AGT→TGT) | ydiF | putative acetate‑CoA transferase YdiF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (46/72); minor base C (0/1); total (46/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GTACCAAACTTAGCCTGCCCCTAAACCAACGTAAATTAGTTGCGCGGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTG‑CCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGAGTTTTGCTGAAGTCGACCAGCACGGTAACGTCGGCGTGCATAAATTCAATGGTAAAATCATGGGCACCGGTGGATTTATTGATATCAGTGCCACTTCGAAGAAAATCATTTTCTGCGGCACATTAACTGCGGGCAGTTTAAAAACAGAAATTACCGACGGCAAATTAAATATCGTCCAGGAAGGACGGGTGAAGAAATTTATTCGGGAACTACCGGAAATTACTTTCAGCGGAAAAATCGCTCTCGAGCGAGGGCTGGATGTTCGTTATATCACTGAGCGCGCAGTATTCACGCT > NC_000913/1776419‑1777010 | gTACCAAACTTAGCCTGCCCCTAAACCAACGTAAATTAGTTGCGCGGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTG‑CCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGTGtt > 2:309547/1‑300 (MQ=255) aaCTTAGCCTGCCCCTAAACCAACGTAAATTAGTTGCGCGGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGCCGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTG‑CCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGTGTTTTGCTg > 2:77695/1‑300 (MQ=255) aaCTTAGCCTGCCCCTAAACCAACGTAAATTAGTTGCGCGGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTG‑CCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGTGTTTTGCTg > 2:241831/1‑300 (MQ=255) aaCTTAGCCTGCCCCTAAACCAACGTAAATTAGTTGCGCGGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTG‑CCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGCTTGTTATTTGTGTTTTGCTg > 1:335327/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |