| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,366,433 | G→A | G295D (GGC→GAC) | puuE → | 4‑aminobutyrate aminotransferase PuuE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,366,433 | 0 | G | A | 98.8% | 275.5 / NA | 81 | G295D (GGC→GAC) | puuE | 4‑aminobutyrate aminotransferase PuuE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (35/45); minor base C (1/0); total (36/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGCAGGTGGCGGCGATTATTTTCGAACCGGTGCAGGGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGGCACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGCCAGCGTCTCAAAAACACGTTGATTGATGCCAAAGAAAGCGTTCCGGCCATTGCTGCGGTACGCGGCCTGGGGTCGATGATTGCGGTAGAGTTTAACGATCCGCAAACGGGCGAGCCGTCAGCGGCGATTGCACAGAAAATCCAGCAACGCGCGCTGGCGCAGGGGCTGCTCCTGCTGACCTGTGGCGCATACGGC > NC_000913/1366138‑1366725 | aagcAGGTGGCGGCGATTATTTTCGAACCGGTGCAGGGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACAcc < 1:741784/300‑1 (MQ=255) ggTGGCGGCGATTATTTTCGAACCGGTGCAGGGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTTTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGc < 2:363101/300‑1 (MQ=255) cgATTATTTTCGAACCGGTGCAGTGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAAcc < 2:537846/300‑1 (MQ=255) cgATTATTTTCGAACCGGTGCAGGGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTGTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAAcc < 2:768919/300‑1 (MQ=255) aCCGGTGCAGGGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGc < 1:770839/300‑1 (MQ=255) gTGCAGGGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGCGCCAAAAGAGTTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTAAACCGGTAAACCGCTGGCGGTGGCTGcc > 2:317451/1‑300 (MQ=255) gTGCAGGGCGAGGGCGGTTTCAACGTTGCGCCAAAAGAGCTGGTTGCCGCTATTCGCCGCCTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGcc > 1:211974/1‑300 (MQ=255) 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cTGTGCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGAGGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAGTCAACTg < 1:147400/300‑1 (MQ=255) gtgCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTggg > 1:407012/1‑300 (MQ=255) gCGACGAGCACGGTATTGTGATGATTGCTGATGAAGTGCAAAGCGGCTTTGCGCGTACCGGTAAGCTGTTTGCCATGGATCATTACGCCGATAAGCCGGATTTAATGACGATGGCGAAAAGCCTCGCGGGCGGGATGCCGCTTTCGGGCGTGGTCGGTAACGCGAATATTATGGACGCACCCGCGCCGGGCGGGCTTGGCGACACCTACGCCGGTAACCCGCTGGCGGTGGCTGCCGCGCACGCGGTGCTCAACATTATCGACAAAGAATCACTCTGCGAACGCGCGAATCAACTGGGcc < 2:543544/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |