| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
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atcaATTGTTAATTGATATTTGTCAGTTATGCTGCCCACTGGCTTAGGAATATCCCTAAAACAAACAGCAGGTTAGTCAGTAACGCTCCCTTGACAGTACGTTCCAGCATTGGTCGCATCGCCACCGGGTCCATTTCCCGCATCACATAACGGGCTTGCTTCACCAGTAATGGTGCCGCCAGCAGGAACAGCCAGCCCCACAGGCTATGCAGCGAAAAGAGATTAAACAGCGCCAGACACACCAGCGAGCCCATCAGCAGGCAGGCATGATAACGACGCGCGTTCACTTCACCTAAgcgc < 2:555047/300‑1 (MQ=255) atTTGTCAGTTATGCTACCCACTGGCTTAGGNATATCCCTAAAACAAACAGCAGGTTAGTCAGTAACGCTCCCTTGACAGTACGTTCCAGCATTGGTCGCATCGCCACCGGGTCCATTTCCCGCNTCACATAACGGGCTTGCTTCACCAGTAATGGTGCCGCCAGCAGGAACAGCCAGCCCCACAGGCTATGCAGCGAAAAGAGATTAAACAGCGCCAGACACACCAGCGAGCCCATCAGCAGGCAGGCATGATAACGACGCGCGTTCACTTCACCTAAGCGCACCACCAGCGTGttttt > 2:605472/1‑300 (MQ=255) aTGCTGCCCACTGGCTTAGGAATATCCCTAAAACAAACAGCAGGTTAGTCAGTAACGCTCCCTTGACAGTACGTTCCAGCATTGGTCGCATCGCCACCGGGTCCATTTCCCGCATCACATAACGGGCTTGCTTCACCAGTAATGGTGCCGCCAGCAGGAACAGCCAGCCCCACAGGCTATGCAGCGAAAAGAGATTAAACAGCGCCAGACACACCAGCGAGCCCATCAGCAGGCAGGCATGATAACGACGCGCGTTCACTTCACCTAAGCGCACCACCAGCGTATTTTTGCCATTTTcgc > 1:303864/1‑300 (MQ=255) aTGCTGCCCACTGGCTTAGGAATATCCCTAAAACAAACAGCAGGTTAGTCAGTAACGCTCCCTTGACAGTACGTTCCAGCATTGGTCGCATCGCCACCGGGTCCATTTCCCGCATCACATAACGGGCTTGCTTCACCAGTAATGGTGCCGCCAGCAGGAACAGCCAGCCCCACAGGCTATGCAGCGAAAAGAGATTAAACAGCGCCAGACACACCAGCGAGCCCATCAGCAGGCAGGCATGATAACGACGCGCGTTCACTTCAACTAAGCGCACCACCAGCGTGTTTTTGCCATTTTcgc > 1:303169/1‑300 (MQ=255) aTGCTGCCCACTGGCTTAGGAATATCCCTAAAACAAACAGCAGGTTAGTCAGTAACGCTCCCTTGACAGTACGTTCCAGCATTGGTCGCATCGCCACCGGGTCCATTTCCCGCATCACATAACGGGCTTGCTTCACCAGTAATGGTGCCGCCAGCAGGAACAGCCAGCCCCACAGGCTATGCAGCGAAAAGAGATTAAACAGCGCAAGACACACCAGCGAGCCCATCAGCAGGCAGGCATGATAACGACGCGCGTTCACTTCAACTAAGCGCACCACCAGCGTGTTTTTGCCATTTTcgc > 1:762167/1‑300 (MQ=255) aTGCTACCCACTGGCTTAGGAATATCCCTAAAACAAACAGCAGGTTAGTCAGTAACGCTCCCTTGACAGTACGTTCCAGCATTGGTCGCATCGCCACCGGGTCCATTTCCCGCATCACATAACGGGCTTGCTTCACCAGTAATGGTGCCGCCAGCAGGAACAGCCAGCCCCACAGGCTATGCAGCGAAAAGAGATTAAACAGCGCCAGACACACCAGCGAGCCCATCAGCAGGCAGGCATGATAACGACGCGCGTTCACTTCACCTAAGCGCACCACCAGCGTGTTTTTACCATTTTcgc > 1:824992/1‑300 (MQ=255) | CCGCCATCGACGACAAGAACACGACCACGGCCATTCTGTTCGAGCAGATCGTACAGCAACCCGTTGTCCTCGAAACATTTTACCGTGATTATTTGTCCGCCAAACGACGCCCGTCCGCCAAAGTTGGAGAACAGCGGTTCCACGACGTTAACATCTTCTTGATAGATGTCACAAAGCTCGGAAGTATCGTATTTCATAGGCTTAACATTCAGTTGCTGCGAGAATTTTCAGTATATCGCGCTATGTGGGCTGTTGGCAAAATCATCAATTGTTAATTGATATTTGTCAGTTATGCTGCCCACTGGCTTAGGAATATCCCTAAAACAAACAGCAGGTTAGTCAGTAACGCTCCCTTGACAGTACGTTCCAGCATTGGTCGCATCGCCACCGGGTCCATTTCCCGCATCACATAACGGGCTTGCTTCACCAGTAATGGTGCCGCCAGCAGGAACAGCCAGCCCCACAGGCTATGCAGCGAAAAGAGATTAAACAGCGCCAGACACACCAGCGAGCCCATCAGCAGGCAGGCATGATAACGACGCGCGTTCACTTCACCTAAGCGCACCACCAGCGTGTTTTTGCCATTTTCGC > NC_000913/4119134‑4119724 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |