| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 848,590 | G→A | P108S (CCG→TCG) | dps ← | DNA protection during starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 848,590 | 0 | G | A | 98.6% | 233.2 / ‑4.5 | 70 | P108S (CCG→TCG) | dps | DNA protection during starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (37/32); total (38/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
TAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTCAGGAAGCCGCTTTTATCGGGTACTAAAGTTCTGCACCATCAGCGATGGATTTATTCGATGTTAGACTCGATAAACCACAGGAATTTATCCAGGTCGCGAGACGCGGCGGTCAGGATATCTGCGGTGTCGTCATCTTTCGCTTCGCCAATCGCTTTGCGTACGTCATTAGCGACGATTGCGTAACGGTCAGCCAGTTCTTTCAGGTGATCCTGAACGTTGTGGATGTCCAGCGGGTAACTTTTCAGCGGGGTTTTGCTGTTGATAACTTGAGTGGTCCCCAGAGCTACACCGCCCAGCTGCACTGCACGTTCTGCCATGGTATCCAGATGATCGATCAGTGCGGTGCGGAAGCCATCCAGCATTTCATGTACGGCAATGAAGTTAGCGCCGCGCATGTTCCAGTGCGCTTGTTTGGTAATCAAAGAAAGATCAATAAACTGGATAACCTGGCGATTCAGCAACTCTACTGTTGCTTTTTTCTCGCTGTCGGAGACATCGTTGCGGGTATAAAGC > NC_000913/848295‑848870 | tAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTCAGGAAGCCGCTTTTATCGGGTACTAAAGTTCTGCACCATCAGCGATGGATTTATTCGATGTTAGACTCGATAAACCACAGGAATTTATCCAGGTCGCGAGACGCGGCGGTCAGGATATCTGCGGTGTCGTCATCTTTCGCTTCGCCAATCGCTTTGCGTACGTCATTAGCGACGATTGCGTAACGGTCAGCCAGTTCTTTCAGGTGATCCTGAACGTTGTGGATGTCCAGCGAGTaa > 1:574985/1‑300 (MQ=255) cTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTCAGGAAGCCGCTTTTATCGGGTACTAAAGTTCTGCACCATCAGCGATGGATTTATTCGATGTTAGACTCGATAAACCACAGGAATTTATCCAGGTCGCGAGACGCGGCGGTCAGGATATCTGCGGTGTCGTCATCTTTCGCTTCGCCAATCGCTTTGCGTACGTCATTAGCGACGATTGCGTAACGGTCAGCCAGTTCTTTCAGGTGATCCTGAACGTTGTGGATGTCCAGCGAGTAACTTTTCAGCGGGGtt > 1:289561/1‑300 (MQ=255) aaaTAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTCAGGAAGCCGCTTTTATCGGGTACTAAAGTTCTGCACCATCAGCGATGGATTTATTCGATGTTAGACTCGATAAACCACAGGAATTTATCCAGGTCGCGAGACGCGGCGGTCAGGATATCTGCGGTGTCGTCGTCTTTCGCTTCGACAATCGCTTTGCGTACGTCATTAGCGACGATTGCGTAGCGGTCAGCCAGTTCTTTCAGGTGATCCTGAATGTTGTGGATGTCTAGCGAGTAACTTTTCAGCGGGGttct > 2:95268/1‑298 (MQ=255) aaaTAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTCAGGAAGCCGCTTTTATCGGGTACTAAAGTTCTGCACCATCAGCGATGGATTTATTCGATGTTAGACTCGATAAACCACAGGAATTTATCCAGGTCGCGAGACGCGGCGGTCAGGATATCTGCGGTGTCGTCATCTTTCGCTTCGCCAATCGCTTTGCGTACGTCATTAGCGACGATTGCGTAACGGTCAGCCAGTTCTTTCAGGTGATCCTGAACGTTGTGGATGTCCAGCGAGTAACTTTTCAGCGGGGtttt > 1:282761/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |